上班迟到打卡扣50元是否合法，主要取决于用人单位的规章制度、扣款金额的合理性以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法的情形
规章制度明确且合法：
- 用人单位已依法制定规章制度，并明确规定迟到扣除工资的标准（如迟到一次扣50元）。
- 规章制度的制定经过了民主程序，如职工代表大会讨论通过，并已向全体员工公开公示。
- 扣款行为符合规章制度的规定。
扣款金额合理：
- 每月所扣除的金额不得超过劳动者当月工资的20%。例如，若劳动者当月工资为3000元，则最多可扣除600元作为迟到等违规行为的罚款，但单次迟到扣50元需确保在合理范围内且不违反月度20%的限制。
- 扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
不合法的情形
无规章制度依据：
- 用人单位没有制定相关规章制度，或规章制度中没有明确规定迟到扣款的标准。
规章制度制定程序不合法：
- 规章制度的制定未经过民主程序，或未向全体员工公开公示。
扣款金额不合理：
- 扣款金额超过了劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准。
其他不合理情况：
- 即使有用人单位合法的规章制度规定迟到扣工资，但如果扣款金额与劳动者迟到行为对工作造成的影响明显不成比例，也可能被视为不合理。例如，迟到几分钟却扣除高额工资，显然与迟到行为对工作的影响不成正比。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第四十三条规定，用人单位不得克扣劳动者的工资，但合理的罚款因劳动者违规行为导致的不在此限制之内。不过，这并不意味着用人单位可以随意罚款，罚款行为仍需受到法律法规的严格限制。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步明确了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
实践建议
- 用人单位：应确保规章制度的合法性、合理性和透明性，避免随意扣款引发劳动争议。在制定规章制度时，应充分考虑员工的实际情况和合理诉求，确保扣款金额与迟到行为对工作造成的影响相匹配。
- 劳动者：在面临不合理扣款时，应与用人单位协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，遵守用人单位的规章制度，避免因迟到等违规行为而遭受不必要的损失。
综上所述，上班迟到打卡扣50元的合法性取决于多个因素的综合考量。在实际操作中，用人单位和劳动者都应严格遵守相关法律法规，确保扣款行为的合法性和合理性。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。