当公司规章制度合法但员工不同意时，双方应通过沟通协商、寻求合理解决方案等途径来妥善处理分歧。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、员工角度
仔细审查规章制度
- 员工应详细阅读新规章制度，特别是涉及薪资待遇、工作时间、休息休假等切身利益的部分，明确自己的权益是否受到不利影响。
与公司沟通协商
- 面对面交流：员工可以推选代表与公司管理层进行平和、理性的交流，表达对新制度的疑问和不满，并提出合理的诉求和建议。
- 书面反馈：员工也可以通过正式的书面报告或邮件向公司人力资源部门或上级领导阐述对新制度的看法，列出不同意的条款及改进意见，要求公司给予正式回复。
寻求工会或法律援助
- 若公司有工会组织，员工可向工会反映情况，工会有责任维护员工权益，会与公司进行沟通协商，争取合理解决方案。
- 若新制度严重违反法律法规，损害员工权益，员工还可以向当地劳动监察部门投诉，并提供相关证据；或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供充分证据证明自己的主张。
考虑个人职业规划
- 如果经过上述努力仍无法改变公司决定，且新制度对员工影响极大，员工可考虑辞职。但在做出决定前，应权衡利弊并咨询专业人士意见，确保自己的决定是明智的。
二、公司角度
重新审视规章制度
- 公司应全面审查新规章制度，确保不存在不合理或违法条款。如发现问题，应及时调整修改，以符合管理需求并保障员工权益。
加强沟通解释
- 公司应通过员工大会、部门会议或发布制度解读文件等方式，向员工详细说明新制度的背景、目的和意义，消除员工的疑虑和误解。
合理修订完善
- 在听取员工意见和建议的基础上，公司可以成立由管理层、人力资源部门和员工代表组成的制度修订小组，共同商讨制度修改方案，确保新制度既满足管理需求又兼顾员工利益。
三、法律背景与建议
法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，公司在更改规章制度时，应遵循法定程序，确保制度的合法性和合理性。
建议：双方应保持冷静理性，通过有效的沟通协商寻求共识。公司应注重员工的意见和建议，合理修订制度；员工则应依法维护自己的权益，避免采取过激行为。通过共同努力，可以构建和谐的劳动关系，促进公司的稳定和发展。
最后需要提醒的是，如果员工在处理此类问题时遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。