当公司规章制度遭到个别员工不认可时，双方应通过积极沟通、合理修订及法律途径等综合方式来解决分歧。以下是从不同角度给出的具体分析和建议：
员工角度
仔细审查制度内容：
- 员工应详细阅读公司规章制度，特别是那些直接关系到自身权益的部分，如薪资待遇、工作时间、休息休假等。明确自己的权益是否受到不利影响，这是后续沟通协商的基础。
与公司进行沟通协商：
- 面对面交流：员工可以推选代表与公司管理层进行平和、理性的交流，表达对新制度的疑问和不满，并提出合理的诉求和建议。这种方式有助于双方直接了解彼此的想法和立场。
- 书面反馈：如果面对面交流不便或效果不佳，员工还可以通过正式的书面报告或邮件向公司人力资源部门或上级领导阐述对新制度的看法，列出不同意的条款及改进意见，并要求公司给予正式回复。书面反馈具有留痕和正式性的特点，有助于后续维权。
寻求工会帮助：
- 若公司有工会组织，员工可向工会反映情况。工会有责任维护员工权益，会与公司进行沟通协商，争取合理解决方案。工会作为员工与公司的桥梁，往往能在解决此类纠纷中发挥重要作用。
法律途径维权：
- 劳动监察投诉：如果新制度严重违反法律法规，损害员工权益，员工可以向当地劳动监察部门投诉，并提供相关证据。劳动监察部门会依法进行调查处理，维护员工的合法权益。
- 申请劳动仲裁：如果沟通协商及其他途径无法解决问题，且员工认为新制度造成实际损失，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，员工需要提供充分证据证明自己的主张，如工资单、考勤记录、制度文本等。
考虑辞职：
- 作为最后的选择，如果经过上述努力仍无法改变公司决定，且新制度对员工影响极大，员工可以考虑辞职。但在做出决定前，应权衡利弊并咨询专业人士意见，确保自己的决定是明智和合理的。
公司角度
重新审视制度：
- 公司应全面审查新规章制度，确保不存在不合理或违法条款。如果发现问题，应及时调整修改，以符合管理需求并保障员工权益。这是解决纠纷的根本之道，也是公司应尽的法律责任。
加强沟通解释：
- 公司应通过员工大会、部门会议或发布制度解读文件等方式，向员工详细说明新制度的背景、目的和意义。通过充分的沟通解释，可以消除员工的疑虑和误解，增强员工对新制度的认同感和接受度。
合理修订完善：
- 在听取员工意见和建议的基础上，公司可以成立由管理层、人力资源部门和员工代表组成的制度修订小组，共同商讨制度修改方案。通过民主参与和共同商讨的方式，可以确保新制度既满足管理需求又兼顾员工利益，从而减少纠纷的发生。
总结与建议
在处理公司规章制度遭到个别员工不认可的问题时，双方应保持冷静理性，通过有效的沟通协商寻求共识。公司应注重员工的意见和建议，合理修订制度；员工则应依法维护自己的权益，避免采取过激行为。如果双方无法自行解决纠纷，可以寻求工会、劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会的帮助。通过共同努力，可以构建和谐的劳动关系，促进公司的稳定和发展。
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