对于怀孕员工总是请假不能胜任工作的情况，用人单位需谨慎处理，既要保障员工的合法权益，也要确保公司的正常运营。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、从员工权益保护角度
怀孕员工的特殊保护：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，享有特殊的法律保护，用人单位不得随意解除劳动合同。这意味着，除非员工存在严重违反公司规章制度等法定情形，否则公司不能仅因员工怀孕或请假而解除劳动合同。
员工应提供的证明：
- 怀孕员工在因身体原因无法胜任工作时，应向公司说明情况，并提供由正规医疗机构出具的诊断证明、休假建议等相关材料。这是员工证明自己身体状况和无法正常工作的合理性的重要依据。
二、从公司管理角度
核实员工身体状况：
- 公司在收到怀孕员工因身体原因无法胜任工作的告知后，应要求员工提供正规医疗机构出具的相关证明材料，以核实其身体状况的真实性和严重性。这是公司合理调整工作岗位或安排休息的前提。
合理安排工作岗位和劳动保护：
- 根据员工的身体状况和实际工作能力，公司应为其调整到合适的工作岗位，确保工作环境安全、卫生，避免对孕妇及胎儿造成不良影响。新岗位的工作强度、工作环境等应适应怀孕员工的身体状况，薪资待遇原则上不应降低。
支付工资和福利待遇：
- 在员工因身体原因休假或调整岗位期间，公司应按照法律法规和劳动合同的约定，支付员工相应的工资和福利待遇。例如，员工请病假的，公司应按照当地规定的病假工资标准支付工资。
三、从双方协商角度
积极沟通协商：
- 面对怀孕员工总是请假不能胜任工作的情况，公司应主动与员工进行沟通，了解员工的身体状况和需求，尝试协商调整工作岗位、工作时间或安排适当的休息时间。通过双方的共同努力，可以找到既保障员工健康又确保公司正常运营的解决方案。
协商解除劳动关系（备选方案）：
- 在特殊情况下，如果双方协商一致，可以考虑解除劳动关系。但公司需依法支付经济补偿金，并确保员工的合法权益不受损害。这一方案应作为最后的选择，并在充分沟通、协商的基础上进行。
四、法律后果提示
- 违法解除劳动合同的后果：
- 如果公司违反法律规定，随意解除与怀孕员工的劳动合同，将可能面临法律诉讼和赔偿风险。根据《劳动合同法》的规定，公司可能需要支付赔偿金，并承担其他法律责任。
针对怀孕员工总是请假不能胜任工作的情况，公司应秉持人文关怀和法律原则，与员工进行积极沟通协商，合理安排工作岗位和劳动保护，并依法支付工资和福利待遇。如果双方无法达成一致，可以考虑协商解除劳动关系，但需确保员工的合法权益不受损害。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。