被告若认为原告主张的法律关系不成立，仍可依法主张管辖权异议，但需基于法定理由，而非单纯否定原告主张的法律关系。以下从不同角度为您详细分析：

1. 管辖权异议的法定理由

根据《民事诉讼法》第130条，被告提出管辖权异议需基于以下法定理由之一：

• 受诉法院无管辖权：如合同纠纷中，双方约定了仲裁条款或明确约定了管辖法院，而受诉法院并非约定法院；
• 级别管辖错误：如案件应由基层法院管辖，但原告向中级法院起诉；
• 专属管辖冲突：如案件属于不动产纠纷，应由不动产所在地法院专属管辖，但原告向其他法院起诉。

关键点：被告不能仅以“原告主张的法律关系不成立”为由提出异议，而需证明受诉法院对案件无管辖权。例如，若原告以借款合同纠纷起诉，但被告认为实际是合伙纠纷，此时被告需证明：

• 双方未约定借款关系，或借款合同未实际履行；
• 案件实际属于合伙纠纷，应由合伙企业所在地或被告住所地法院管辖（若符合专属管辖规定）。

2. 被告如何主张管辖权异议

• 步骤一：提交书面异议
  被告应在提交答辩状期间（收到起诉状副本后15日内）向受诉法院提交《管辖权异议申请书》，明确异议理由及法律依据。

• 步骤二：提供证据支持
  被告需提供证据证明受诉法院无管辖权，例如：

  • 合同中的仲裁条款或管辖协议；
  • 案件实际法律关系（如合伙协议、买卖合同等）的证据；
  • 专属管辖的依据（如不动产登记证明、合伙企业登记信息等）。

• 步骤三：等待法院审查
  法院将审查被告的异议是否成立。若成立，法院将裁定移送有管辖权的法院；若不成立，将裁定驳回。

3. 若原告主张的法律关系不成立，对管辖权的影响

• 法律关系认定不影响管辖权：管辖权异议的审查仅关注法院是否对案件有管辖权，而非案件实体法律关系是否成立。例如，原告以借款合同起诉，但被告认为实际是赠与关系，此时法院仍会先审查借款合同是否成立，再决定是否移送管辖。

• 例外情形：若原告主张的法律关系直接影响管辖权（如原告以侵权纠纷起诉，但被告认为实际是合同纠纷，且合同约定了管辖法院），则被告可主张按合同约定管辖。

4. 法律建议

• 及时提出异议：被告应在法定期限内提出管辖权异议，避免逾期丧失权利。
• 明确异议理由：异议理由需具体、合法，避免笼统表述（如“法院无管辖权”）。
• 准备充分证据：提供合同、协议、登记信息等证据，证明受诉法院无管辖权。
• 关注后续程序：若异议被驳回，被告可在收到裁定后10日内上诉；若异议成立，案件将移送有管辖权的法院，被告需重新准备应诉材料。

5. 可能后果

• 异议成立：案件移送有管辖权的法院，诉讼程序可能延长。
• 异议不成立：案件继续在受诉法院审理，被告需按原程序应诉。
• 逾期未提出：被告丧失管辖权异议权利，法院将依法审理。

总结：被告若认为原告主张的法律关系不成立，仍可依法主张管辖权异议，但需基于法定理由（如无管辖权、级别管辖错误、专属管辖冲突），并提供证据支持。如有具体案件或证据材料，可进一步向我咨询，我将为您详细分析。