综合工时制下，周末病假是有工资的，具体计算方式需结合法律规定、企业制度及实际出勤情况。以下是对此问题的详细解答：

一、核心计算逻辑

1. 基准确定：

   • 正常出勤工资：以员工在综合计算周期内的平均日/小时工资为基准。计算公式为：平均日工资 = 综合周期内应发工资总额 ÷ 计薪天数，或平均小时工资 = 应发工资总额 ÷ 总法定工时（如167小时/月）。
   • 法律依据：根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月计薪天数为21.75天。

2. 病假工资比例：

   • 最低保障：病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例依地方规定）。
   • 企业政策：若企业制度规定更高比例（如60%-100%），则按企业标准执行。

3. 计算公式：

   • 通用公式：病假工资 = 平均日/小时工资 × 病假天数/小时数 × 企业规定比例。
   • 示例：某员工月工资4000元，综合周期内请病假3天，企业规定病假工资为80%。则日均工资为4000 ÷ 21.75 ≈ 183.91元，病假工资为183.91 × 3 × 80% ≈ 441.38元。

二、特殊场景处理

1. 医疗期与累计工龄关联：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期时长与员工实际工作年限和本单位工作年限相关。例如，实际工作年限<10年，本单位工作年限<5年的，医疗期时长为3个月。

2. 综合工时周期影响：

   • 若病假跨越多个计算周期，需分段统计各周期内的病假天数，分别计算后汇总。

3. 津贴与补贴处理：

   • 与出勤挂钩的津贴（如交通补贴）通常停发；固定福利（如工龄津贴）一般保留。

三、合规要点

1. 地方差异：

   • 不同地区对病假工资的规定可能存在差异。例如，上海等地允许企业与员工协商病假工资比例，但不得低于最低工资80%；北京等地明确最低比例为本人工资的60%-100%。

2. 证据留存：

   • 企业应要求员工提供医疗机构证明，以避免虚假病假争议。

3. 制度公示：

   • 企业应通过劳动合同或员工手册明确病假工资规则，确保程序合法。

四、实操建议

1. 优先适用企业制度：

   • 若企业制度中已明确病假工资比例，直接按制度执行。

2. 动态调整基数：

   • 综合工时制下，若员工加班较多导致平均工资虚高，可与工会协商合理调整计算基数。

3. 法律咨询：

   • 针对复杂案例（如长期医疗期），建议直接向我咨询，以降低风险。

总结来看，综合工时制下周末病假的工资计算需综合考虑多个因素。作为员工，应了解自己的权益和计算方式；作为企业，应确保病假工资的计算合规且公平。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。