结论：在医疗期结束但工伤还在申请中，且公司停发停工留薪工资的情况下，是否去上班需根据具体情况判断。若身体状况允许且医生建议复工，同时与雇主沟通并办理了相关手续，可以选择去上班；若身体尚未恢复或医生不建议复工，则不应勉强去上班。
一、法律权益与停工留薪期规定
首先，根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
二、医疗期结束与工伤申请中的权益
医疗期结束：医疗期结束并不意味着停工留薪期必然结束。停工留薪期的长短主要根据医疗机构的诊断证明和伤情来确定。如果医疗期结束但停工留薪期尚未结束，且医生认为仍需要暂停工作接受治疗，那么职工仍有权享受停工留薪期待遇。
工伤申请中：工伤申请正在进行中，并不影响职工享受停工留薪期待遇。只要工伤认定决定书尚未下达，且停工留薪期未满，职工就有权要求单位支付停工留薪期工资。
三、公司停发停工留薪工资的处理
协商与沟通：首先，建议职工与用人单位进行友好协商，明确指出支付停工留薪期工资是单位的法定义务，并提供工伤认定申请的相关证明材料（如工伤认定申请表、医疗诊断证明等），争取通过和平方式解决问题。
投诉与仲裁：若协商无果，职工可以向当地人力资源和社会保障局内的劳动监察部门进行投诉，要求单位支付停工留薪期工资。投诉时需准备充分证据，包括劳动合同、工伤认定申请的相关证明材料、工资支付记录等。如果劳动监察部门的处理未能解决问题，职工还可以在规定时间内向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
四、是否去上班的建议
身体状况允许：如果医疗期结束，且医生认为身体状况已经恢复，可以从事原工作或调整后的工作，同时与雇主沟通并办理了相关复工手续，那么职工可以选择去上班。但上班后，用人单位应按照正常出勤支付工资，而非继续享受停工留薪期待遇。
身体状况不允许：如果医疗期结束，但医生认为身体状况尚未恢复，仍需要暂停工作接受治疗，或者用人单位不同意延长停工留薪期，那么职工不应勉强去上班。此时，职工应继续享受停工留薪期待遇（如果停工留薪期未满），或者根据实际情况与用人单位协商其他解决方案（如调整工作岗位、安排病假等）。
五、注意事项
保留证据：在整个过程中，职工务必注意收集和保存好所有相关证据，如劳动合同、工资条、工伤认定申请的相关证明材料、医疗诊断证明、病假条等，以确保自身合法权益得到有效维护。
法律援助：如果职工在维权过程中遇到困难，可以寻求法律援助机构的帮助，获取法律咨询、代理仲裁或诉讼等服务。
综上所述，在医疗期结束但工伤还在申请中，且公司停发停工留薪工资的情况下，是否去上班需根据具体情况判断。职工应明确自身法律权益，与用人单位进行友好协商，并在必要时采取投诉、仲裁等法律措施来维护自身合法权益。