结论前置：公司因偷税罪补交税款后，对员工的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 员工不知情且未参与
   若员工对公司的偷税行为完全不知情，且未参与任何相关操作（如伪造账目、协助隐瞒等），则员工无需承担法律责任。根据《刑法》第201条，偷税罪的主体是“纳税人”或“扣缴义务人”，普通员工若未实施偷税行为，不构成犯罪。但需注意，若员工在财务、税务等关键岗位，且因疏忽导致公司偷税，可能涉及“过失”问题，但实践中过失不构成偷税罪。

2. 员工知情但未参与
   若员工明知公司存在偷税行为，但未参与具体操作（如未协助伪造凭证、未提供虚假信息等），通常也不构成犯罪。但根据《税收征收管理法》第63条，若员工作为直接责任人员（如财务负责人），可能被税务机关处以罚款（如未缴税款50%至5倍的罚款）。此时，员工需配合税务机关调查，证明自身未参与具体违法行为。

3. 员工参与偷税行为
   若员工直接参与偷税（如伪造账目、协助隐瞒收入、虚开发票等），则可能构成共犯。根据《刑法》第25条，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。此时，员工需承担与主犯相同的刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等处罚。例如，财务人员伪造凭证帮助公司偷税，可能被认定为“从犯”，但依然需承担刑事责任。

4. 员工已离职但涉及历史问题
   若员工已离职，但公司偷税行为发生在其任职期间，且员工参与其中，仍可能被追责。刑事责任的追究不受离职影响，但若员工能证明离职后未继续参与，可减轻责任。

建议：

• 若员工未参与偷税，应保留工作记录、沟通记录等证据，证明自身清白；
  
• 若员工参与部分操作但情节轻微，可主动向税务机关说明情况，争取从轻处理；
  
• 若员工被立案调查，应立即委托律师介入，避免自证其罪。
  

法律依据：

• 《刑法》第201条（逃税罪）、第25条（共同犯罪）；
  
• 《税收征收管理法》第63条（偷税的行政处罚）。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据分析责任。