结论是：总工资3500元中扣绩效是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定

• 合法情形：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效工资的构成、考核方式及扣减条件，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么公司从总工资中扣绩效是合法的。这是因为双方已经就工资构成和支付方式达成了合意，公司按照约定执行并无不当。
• 建议：作为劳动者，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的工资构成和绩效考核方式。如果对扣减绩效有异议，可以与公司协商或依据合同约定寻求解决途径。

2. 劳动合同或规章制度无明确约定，或约定违法

• 违法情形：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定绩效工资的扣减，或者规定的扣减方式违反了法律法规的强制性规定（如扣减后工资低于当地最低工资标准），那么公司从总工资中扣绩效就是违法的。此时，劳动者有权要求公司按照合同约定或法律规定支付全额工资。
• 法律后果：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
• 建议：如果遇到这种情况，劳动者可以先与公司协商，要求公司补发被扣减的工资。如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 绩效扣减的合理性

• 合理性判断：即使劳动合同或规章制度中有关于绩效扣减的规定，也需要判断其合理性。如果扣减绩效的理由不充分、不合理，或者扣减幅度过大，也可能构成违法。例如，因劳动者轻微过失就扣减大量绩效工资，显然是不合理的。
• 建议：劳动者在面对不合理的绩效扣减时，可以收集相关证据（如工作记录、考核标准等），证明自己的工作表现和扣减绩效的不合理性。然后，可以与公司协商或寻求法律途径解决。

4. 特殊情况下的处理

• 最低工资保障：无论绩效扣减是否合法，扣减后的工资都不得低于当地最低工资标准。如果扣减后工资低于最低工资标准，公司必须补足差额。
• 经济补偿：如果因公司违法扣减绩效导致劳动者解除劳动合同的，劳动者还有权要求公司支付经济补偿。

总结与建议：

• 劳动者应仔细了解自己的工资构成和绩效考核方式，确保自己的权益不受侵害。
• 如果遇到公司违法扣减绩效的情况，可以先与公司协商解决；协商无果的，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在处理此类纠纷时，建议劳动者保留好相关证据（如劳动合同、工资条、考核记录等），以便在需要时证明自己的权益。

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