公司办理资质让员工每人掏1000元钱，这一行为通常是不合法的。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动法角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当依法支付劳动者工资，并承担社会保险等法定费用。公司办理资质所需的费用，属于公司经营成本的一部分，应当由公司自行承担，而不应转嫁给员工。员工没有义务为公司办理资质支付费用，除非双方有明确的书面约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。

二、从合同角度

如果员工与公司之间签订了劳动合同，且合同中并未明确约定员工需要为公司办理资质支付费用，那么公司要求员工支付费用的行为就可能构成违约。员工有权拒绝支付，并可以依据劳动合同的约定或相关法律法规，维护自己的合法权益。

三、从实际操作角度

在实际操作中，如果公司确实需要员工协助办理资质，比如提供某些个人资料或参与相关培训等，那么公司应当与员工进行充分沟通，并明确告知员工所需承担的费用（如果有的话）以及费用的具体用途。在未经员工同意的情况下，公司不得擅自扣除员工工资或要求员工支付额外费用。

四、可能的法律后果

如果公司坚持要求员工支付办理资质的费用，员工可以采取以下措施维护自己的权益：

1. 与公司协商：首先尝试与公司进行协商，明确表达自己的立场和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的诉求，员工还可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 员工在遇到此类情况时，应当保持冷静，不要轻易支付费用。
• 员工可以与公司进行沟通，了解费用的具体用途和公司的立场。
• 如果公司坚持要求支付费用，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。