同一案件刑事部门已经立案，行政机关在符合条件的情况下仍然可以做出处理。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律目的与性质差异

1. 行政处罚与刑事处罚目的不同：

   • 行政处罚旨在维护行政管理秩序，对违法行为给予惩戒，确保社会管理的有序进行。
   • 刑事处罚则着重于惩罚犯罪、保护社会公共利益和公民权利，维护社会的安全和稳定。

2. 法律性质差异：

   • 行政处罚是行政机关对违反行政管理秩序的行为进行的制裁，属于行政法的范畴。
   • 刑事处罚是司法机关对犯罪行为进行的制裁，属于刑法的范畴。

二、法律规定与司法实践

1. 法律规定未禁止：

   • 法律并未明确禁止在刑事立案后进行行政处罚。当某一行为同时触犯行政法规和刑法时，行政机关和司法机关可以分别依据各自的法律进行处罚。

2. 司法实践支持：

   • 在司法实践中，同一违法行为可能既构成犯罪又违反行政管理秩序。例如，非法占用农用地既可能构成非法占用农用地罪，又可能违反土地管理法规受到行政处罚。
   • 最高人民法院的指导性案例也明确支持了这一观点，即违法行为人的同一行为既违反行政法应受行政处罚、又触犯刑法应受刑罚处罚的情形下，行政机关将案件移送公安机关时不应因案件移送而撤销已经作出的行政处罚。

三、行政处罚的作出条件与限制

1. 法定追究时效内：

   • 行政处罚的作出应在其法定的追究时效内。超过时效的，行政机关不得再给予行政处罚。

2. 综合考量案件事实与情节：

   • 行政机关在作出行政处罚时，应综合考量案件的事实、情节等因素，确保处罚的合理性与合法性。

3. 避免重复处罚：

   • 行政机关在作出行政处罚时，应注意避免对同一违法行为进行重复处罚。如果违法行为已经受到刑事处罚，行政机关在作出行政处罚时应考虑已执行的刑事处罚情况，避免过度处罚。

四、具体案例与操作建议

1. 具体案例：

   • 以非法占用农用地案为例，如果行为人未经批准非法占用农用地并造成严重后果，既可能构成非法占用农用地罪受到刑事处罚，又可能因违反土地管理法规受到行政处罚。在这种情况下，行政机关可以在刑事立案后依法作出行政处罚决定。

2. 操作建议：

   • 对于行政机关而言，在刑事立案后作出行政处罚决定前，应充分了解案件情况，确保处罚的合法性与合理性。
   • 对于行为人而言，如果面临刑事立案和行政处罚的双重压力，应积极配合调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。

总结与建议：同一案件刑事部门已经立案并不影响行政机关在符合条件的情况下依法作出行政处罚。行政机关在作出行政处罚时应遵循法定程序和规定，确保处罚的合法性与合理性。如果您或您身边的人遇到此类问题，建议直接向我咨询以获取更具体的法律建议。