在相同的行政机关，两个已经分别立案的行政案件，在一般情况下不会是同一案件，但存在特殊情形下可能被视为同一案件或相关联案件的情况。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况：两个分别立案的案件不是同一案件
立案的独立性：行政机关在接到行政相对人的申请或发现违法行为后，会根据案件的性质、事实、证据等因素，独立决定是否立案。每个立案决定都对应着一个独立的行政案件，具有独立的案件编号、调查程序、处理结果等。
案件的唯一性：一个行政案件通常对应一个具体的违法行为或行政争议。如果两个案件分别涉及不同的违法行为或行政争议，那么它们就是两个独立的案件，即使由同一个行政机关处理。
二、特殊情况：两个案件可能被视为同一案件或相关联案件
案件合并处理：在某些情况下，行政机关可能发现两个已经分别立案的案件实际上涉及同一违法行为或行政争议，或者两个案件之间存在紧密的关联关系。此时，行政机关可能会根据相关规定，将两个案件合并处理，视为一个案件进行调查、审理和裁决。
案件的重复立案：虽然不常见，但确实存在行政机关因疏忽或错误而对同一违法行为或行政争议重复立案的情况。在这种情况下，行政机关应当及时发现并纠正错误，撤销其中一个立案决定，确保案件的唯一性和处理的公正性。
法律上的关联关系：即使两个案件分别涉及不同的违法行为或行政争议，但如果它们之间存在法律上的关联关系（如一个案件的处理结果直接影响另一个案件的处理），行政机关在处理时也需要考虑这种关联关系，确保处理结果的协调性和一致性。
三、法律建议
对于行政相对人：如果发现自己涉及的行政案件被重复立案或存在其他异常情况，应及时向行政机关提出异议，并要求行政机关进行说明和纠正。如果行政机关不予理会或处理不当，可以向上一级行政机关或相关监督机构投诉或申请复议。
对于行政机关：在立案和处理行政案件时，应严格遵守相关法律法规和程序规定，确保案件的唯一性和处理的公正性。同时，应加强内部管理和监督，防止重复立案等错误情况的发生。
如果您在行政案件方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。