您好，关于企业员工申请灵活就业社保是否合法的问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条的规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这意味着，为职工依法缴纳社会保险费是用人单位的法定义务，不能由员工自行选择以灵活就业的方式参保来替代。

企业职工参加的社会保险通常包含职工基本养老保险、职工基本医疗保险（含生育保险）、工伤保险、失业保险这四险。而灵活就业人员参加的社会保险则只包含职工基本养老保险和职工基本医疗保险（含生育保险）两险。可以看出，企业职工参保的险种更为全面，保障也更为完善。

此外，企业职工的社会保险费应由单位和个人按规定缴费比例共同缴纳，其中个人部分由单位代扣代缴。这是法律规定的缴费方式，单位和个人都必须遵守。

因此，企业员工不能自行申请以灵活就业的方式参保来替代企业职工的社会保险。单位也不得以任何违规形式，自行让员工以灵活就业方式缴纳社会保险费。如果员工有这样的需求或建议，单位应该明确告知其这是不合法的，并引导员工按照法律规定参加企业职工的社会保险。

希望这个解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。