针对您提出的“合同约定不开发票不支付工程款是否合理”的问题，我们可以从法律角度和合同履行原则两方面进行详细分析。

首先，从法律角度来看，开具增值税等发票在合同履行中通常被视为附随义务。这意味着，虽然提供发票是合同中的一项要求，但它并不构成合同的主要义务。主要义务通常指的是合同中明确约定的、直接关系到合同目的实现的核心义务，如交付货物、提供服务等。在一方已经按照合同约定履行了主要义务的情况下，仅仅因为未履行提供发票的附随义务，并不构成不适当履行。

其次，从合同履行原则出发，《中华人民共和国民法典》第五百零九条规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。”这一条款强调了合同履行的全面性和诚信原则。在合同履行过程中，如果一方已经履行了主要义务，而另一方仅以未履行附随义务为由拒绝支付价款，这并不符合合同履行的原则和法律规定。

以您提供的案例为例，A公司与B公司签订的合同中明确约定了A公司需提供正规增值税发票，但同时也约定了工程款的支付方式和时间。在A公司已经按照合同约定履行了供货、安装、调试等主要义务，且工程项目验收合格的情况下，B公司仅以A公司未提供发票为由拒绝支付价款，这是不合理的。法院在审理此类案件时，通常会认定提供发票是附随义务，而支付价款是主要义务，因此B公司不得据此行使同时履行抗辩权或先履行抗辩权来拒绝支付价款。

综上所述，合同中约定“不开发票不支付工程款”是不合理的。因为提供发票是附随义务，而支付工程款是主要义务。在一方已经履行主要义务的情况下，另一方不得仅以未履行附随义务为由拒绝支付价款。如果双方因此产生纠纷，建议通过法律途径解决，以维护各自的合法权益。