核心结论：在非法占地行为发生时目标地块为基本农田，立案时已调整为普通耕地，需结合行为发生时与立案时的土地性质、行为持续时间及法律适用原则综合处理，具体分以下两种情况：

1. 若非法占地行为持续至立案时

• 法律适用原则：根据《行政处罚法》第三十七条，违法行为处于持续状态的，行政机关应适用违法行为终了时的法律规范。即若占地行为未终止（如未退还土地、未恢复原状），应按立案时土地性质（普通耕地）定性。
• 处理方式：
  • 定性调整：虽行为发生时为基本农田，但立案时已调整为普通耕地，需以现行土地性质为准，认定非法占用耕地行为。
  • 处罚依据：依据《土地管理法》第七十七条，对非法占用耕地（非基本农田）的行为，责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，可并处罚款（每平方米100元以上1000元以下）。
  • 例外情形：若行为发生时土地性质为基本农田，且行为持续至调整后，需核查调整程序是否合法。若调整程序违法（如未依法报批），原基本农田性质可能被认定未实际变更，仍需按非法占用基本农田处理。

2. 若非法占地行为已终止于立案前

• 法律适用原则：根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为有连续或继续状态的，从行为终了之日起计算处罚时效。若行为已终止（如已退还土地），则适用行为发生时的法律规范。
• 处理方式：
  • 定性依据：以行为发生时土地性质（基本农田）为准，认定非法占用基本农田行为。
  • 处罚依据：依据《土地管理法》第七十五条及《刑法》第三百四十二条（非法占用农用地罪），对非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
  • 追责时效：需在违法行为发生之日起五年内追究行政责任；若涉嫌犯罪，追诉时效为十年（法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑）。

关键核查要点

1. 土地性质变更程序：核查调整为普通耕地的审批文件（如省级政府批准文件、土地利用总体规划调整方案），确认变更合法性。
2. 行为持续时间：通过占地合同、现场照片、证人证言等证据，固定行为发生与终止时间。
3. 损害后果评估：委托专业机构评估对耕地耕作层的破坏程度，作为处罚或刑事立案的依据。

建议：若涉及具体案件，需进一步提供占地时间、面积、调整文件等证据材料，以便精准分析法律责任。如有疑问，可直接向我咨询。