档案归档时使用复印件代替原件是否违法，需结合具体情况判断，但擅自以复印件替代原件归档的行为通常存在违法风险。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律对档案原件与复印件使用的规定

根据《中华人民共和国档案法》及相关规定，档案的收集、整理、保管和利用应当确保档案的真实性、完整性和可用性。原件作为最直接、最可靠的证据，其法律效力和证明力通常优于复印件。在档案归档过程中，若法律、行政法规明确要求归档原件，而单位或个人擅自以复印件替代，则可能构成违法。

具体来说，若档案涉及重要权益（如个人身份、财产权益、单位资质等），或法律、法规、规章明确规定必须归档原件的，使用复印件代替原件可能面临以下法律后果：

1. 行政处罚：根据《档案法》规定，擅自提供、抄录、复制、公布属于国家所有档案的，或未按照规定归档、管理档案的，可能面临警告、罚款等行政处罚。
2. 民事责任：若因使用复印件代替原件导致档案信息不准确、不完整，给相关权益人造成损失的，可能需承担民事赔偿责任。
3. 刑事责任：在极端情况下，若使用复印件代替原件的行为构成伪造、变造国家机关公文、证件、印章等犯罪的，可能依法追究刑事责任。

二、使用复印件代替原件的合法情形

尽管原件的法律效力通常优于复印件，但在某些特定情况下，使用复印件代替原件归档可能被视为合法或可接受：

1. 法律、法规允许：若法律、法规、规章明确允许在特定情况下使用复印件代替原件归档（如某些临时性、非关键性档案），则该行为不违法。
2. 原件已毁损或灭失：若原件因不可抗力（如火灾、水灾等）或人为原因毁损、灭失，且无法通过其他途径获取原件的，使用经核实无误的复印件代替原件归档可能被视为合理。
3. 双方同意：在合同纠纷等民事领域，若双方当事人明确同意使用复印件作为档案归档材料，且该同意不违反法律、行政法规的强制性规定，则该行为可能被视为合法。

三、实务建议

为避免因使用复印件代替原件归档而引发的法律风险，建议您：

1. 严格遵守法律法规：在档案归档过程中，务必遵守《档案法》及相关规定，确保归档材料的真实性、完整性和可用性。
2. 优先归档原件：在条件允许的情况下，应优先归档原件。若确实需要使用复印件代替原件，应确保复印件的真实性和完整性，并尽可能获取相关权益人的同意。
3. 完善档案管理制度：建立健全档案管理制度，明确档案归档的范围、标准、流程等，确保档案工作的规范化和法制化。
4. 加强合规培训：定期对档案管理人员开展业务培训，强化其合规意识，确保档案工作的合法性和安全性。

总结来看，档案归档时使用复印件代替原件是否违法，需结合具体情况判断。在实务中，为避免法律风险，建议您优先归档原件，并严格遵守相关法律法规和档案管理制度。若您在此方面遇到具体法律问题，欢迎直接向我咨询。