针对您提出的问题，即甲方有业务来往但要求开票给乙方，而由甲方来付款的情况，我们可以从税务和发票管理的角度进行详细分析。
首先，我们需要明确的是，根据《国务院关于修改<中华人民共和国发票管理办法>的决定》中的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务并收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。这是发票开具的基本原则，即发票的开具应与实际交易相符，确保发票的“三流”（即资金流、货物流、发票流）一致。
然而，在您所描述的情况中，甲方作为业务来往的一方，却要求将发票开具给乙方，而由甲方来付款。这种安排在税务上可能引发一些问题。具体来说：
税务风险：如果发票的开具与实际交易不符，即发票上的付款方与实际付款方不一致，这可能被视为不符合规定的发票。根据税法规定，不符合规定的发票不得作为财务报销凭证，且任何单位和个人有权拒收。此外，这种安排还可能被税务机关视为虚开发票的行为，从而引发税务处罚。
三流一致原则：虽然税法尚未对“三流一致”做出明确规定，但税务实践中通常强调资金流、货物流和发票流的一致性。这种一致性有助于确保税务交易的透明度和合规性。如果三流不一致，可能会引发税务机关的关注和调查。
建议操作：为了避免潜在的税务风险，建议您遵循与实际业务发生相一致的原则，如实开具发票。即，如果业务是与甲方发生的，那么发票应开具给甲方，并由甲方支付款项。如果甲方因内部原因无法直接支付，可以考虑通过合法的委托支付方式，但应确保相关手续完备，且发票的开具与实际交易相符。
进一步确认：由于税务法规可能因地区和具体政策而有所差异，建议您联系当地的主管税务机关或12366纳税服务热线，以获取更具体和准确的税务指导。
综上所述，甲方要求开票给乙方而由甲方来付款的情况，在税务上可能存在风险。为了确保合规性和避免潜在的税务问题，建议您遵循与实际业务发生相一致的原则，如实开具发票，并咨询当地税务机关以获取更具体的指导。