针对您提到的食品变质已退款但要求三倍赔偿而商家不同意的情况，我可以给您一些详细的建议来帮助您维护自己的合法权益。
首先，您需要明确的是，根据《消费者权益保护法》的相关规定，如果经营者提供的商品存在欺诈行为，比如销售变质食品，那么消费者有权要求商家按照购买商品价款的三倍进行赔偿。如果三倍赔偿的金额不足五百元，则直接按五百元赔偿。这是您要求三倍赔偿的法律依据。
接下来，您可以按照以下步骤来处理这个问题：
与商家再次协商： 您可以先尝试与商家进行友好的沟通，明确表达您的诉求和依据的法律条款。有时候，商家可能并不清楚相关的法律规定，或者对问题的严重性认识不足，通过沟通可能能够达成和解。
请求消费者协会调解： 如果与商家协商无果，您可以向当地的消费者协会或者依法成立的其他调解组织请求调解。这些机构通常会提供专业的调解服务，帮助双方达成和解。在调解过程中，您需要提供相关的证据，如购物凭证、变质食品的照片或视频等。
向行政部门投诉： 如果调解仍然无法解决问题，您可以向有关的行政部门投诉，比如市场监管部门。行政部门有权对商家的违法行为进行调查和处理，并可能对商家进行处罚。
提请仲裁或向法院起诉： 如果以上方式均未能解决问题，您可以根据与商家达成的仲裁协议（如果有的话）提请仲裁机构仲裁，或者直接向法院起诉商家。在起诉过程中，您需要准备好相关的证据材料，如民事起诉书、购物凭证、变质食品的照片或视频、与商家的沟通记录等。
在整个处理过程中，我提醒您一定要保留好相关的证据。这些证据是您维护自己合法权益的重要依据。同时，您也需要保持冷静和耐心，积极配合相关部门的工作，以便最终获得公正的裁决。
最后，我希望您能够顺利解决这个问题，并希望商家能够重视消费者的权益，提供合格的商品和服务。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，都可以随时向我咨询。