分包结算以审计为准，在合同有明确约定且不违反法律法规强制性规定的情况下，是合法的。以下从不同角度进行详细分析：

一、合同约定角度

在建设工程施工领域，分包合同是承包人与分包人之间就分包工程达成的协议。如果双方在合同中明确约定“分包结算以审计为准”，这实际上是双方对结算方式的一种特别约定。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，只要这种约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，就应当认定为合法有效。

二、审计性质与合同关系角度

审计作为国家的一种行政监督方式，有其特定的主体、范围、效力，属于行政法律关系的范畴。然而，在建设工程施工法律关系中，承发包双方系平等主体之间达成的民事法律关系。如果承发包双方在合同中约定以政府审计机关的审计结果作为结算依据，这实际上是双方自愿接受审计结果的一种体现，尽管在形式上可能体现为行政权力对民事法律关系的干涉，但这其实是当事人意思自治的一种体现，也符合民法的平等自愿原则。关键在于，这种约定应当具体明确，不能通过解释推定的方式形成。例如，合同中应明确表述为“以政府审计机关的审计结果作为结算依据”，而不是模糊地表述为“以审计为准”。

三、实际操作与负面影响角度

尽管“以审计为准”的约定在合同层面可能合法，但在实际操作中却可能带来一些负面影响。例如，行政审计可能久拖不决，导致承包人资金成本和压力增加；或者地方政府通过行政手段强行控制工程造价，避免因自身疏于管理而被追究行政责任，这属于典型的懒政行为。此外，如果审计程序迟迟无法启动或者长久不出具审计结果，承包人可能会面临无法合理维护自身合法权益的困境。因此，在约定“以审计为准”时，双方应充分考虑这些潜在风险，并约定相应的救济途径。例如，可以约定在政府审计程序迟迟无法启动或者长久不出具审计结果时，承包人可以通过诉讼或者仲裁的方式维护自身合法权益。

四、法律建议

1. 明确约定：在签订分包合同时，如果双方希望以审计结果作为结算依据，应明确约定审计的主体、范围、效力等关键要素，避免使用模糊或容易产生歧义的表述。

2. 考虑风险：双方应充分考虑“以审计为准”可能带来的风险，如审计久拖不决、地方政府懒政等，并约定相应的风险分担和救济途径。

3. 及时维权：如果审计程序出现问题或者审计结果不合理，承包人应及时通过法律途径维护自身合法权益，避免因拖延而丧失维权时机。

示例说明：假设某分包合同中约定“分包结算以业主委托的审计机构审计结果为准”。在合同履行过程中，审计机构出具了审计报告，但承包人认为审计结果不合理。此时，承包人可以依据合同约定和法律规定，与业主协商解决；如果协商无果，承包人可以通过诉讼或仲裁的方式维护自身合法权益。

综上所述，分包结算以审计为准在合同有明确约定且不违反法律法规强制性规定的情况下是合法的。但双方在约定时应充分考虑潜在风险，并约定相应的救济途径。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。