邻居家占了我家地40多年，您仍然有权起诉，但具体情况需结合证据和法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律权利基础

根据《民法典》物权编相关规定，物权请求权不适用诉讼时效。这意味着，只要您能证明对争议土地享有合法物权（如宅基地使用权证、土地承包经营权证等），无论被侵占多长时间，均可通过法律途径主张权利，要求对方停止侵害、返还土地并赔偿损失。

二、关键证据收集

1. 权属证明：

   • 宅基地使用证、土地承包经营权证、集体土地建设用地使用证等官方文件。
     
   • 土地登记档案、政府审批文件或历史土地台账。
     
   • 若无书面权证，可提供村集体出具的权属证明、证人证言或历史使用痕迹（如围墙、界碑等）。

2. 侵占事实证据：

   • 现场照片、视频或测绘报告，证明对方实际占用土地范围。
     
   • 村集体、乡镇政府或土地管理部门的调解记录、处理意见。
     
   • 对方承认侵占的书面材料或录音证据。

三、解决途径与流程

1. 协商调解：

   • 优先与邻居沟通，明确主张权利并要求返还土地。
     
   • 若协商无果，可申请村集体、乡镇政府或人民调解委员会介入调解。

2. 行政确权：

   • 向当地自然资源部门（原国土局）申请土地确权，由政府出具权属认定文件。
     
   • 确权结果可作为诉讼关键证据。

3. 民事诉讼：

   • 起诉条件：需明确被告身份、诉讼请求（返还土地、赔偿损失等）及事实理由。
     
   • 诉讼时效：物权请求权不受3年诉讼时效限制，但若主张赔偿损失，需注意侵权行为持续期间的时效问题。
     
   • 法院处理：可能判决对方停止侵害、返还土地，并赔偿占用期间的损失（如土地收益）。

四、特殊情形与风险提示

1. 诉讼时效争议：

   • 若对方以“超过20年最长诉讼时效”抗辩，需证明您在此期间持续主张权利（如多次交涉、投诉记录）。
     
   • 物权保护请求权本身不适用时效，但赔偿请求可能受时效影响。

2. 土地附着物处理：

   • 若对方在土地上建造房屋或其他设施，可能涉及补偿问题。法院可能根据实际情况判决拆除或折价补偿。

3. 执行难度：

   • 即使胜诉，若对方拒不履行，需申请法院强制执行，可能面临执行周期长、成本高的问题。

五、行动建议

1. 立即取证：固定土地现状证据（如公证、测绘），防止对方进一步破坏。
   
2. 咨询专业律师：结合证据和当地政策，制定诉讼策略。
   
3. 权衡成本与收益：若土地价值较低或执行难度大，可考虑通过调解争取合理补偿。

总结：40年的土地侵占不构成法律上的“权利丧失”，但需以充分证据为前提。建议您优先通过行政确权或调解解决，若协商无果，及时委托律师起诉，以维护合法权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。