工厂保安强制检查员工车辆是违法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律权限角度：
- 对公民个人、车辆进行强制检查是执法机关在执行公务时的特殊权力。这种权力受到法律的严格限制，并且检查时应该出示证件和相应公安机关开具的检查证明文件。
- 保安并不具备这种执法权力。他们只是工厂的雇佣人员，负责维护工厂的安全和秩序，但并没有法律赋予的强制检查权。因此，保安对车辆进行强制检查是不合理也不合法的。
隐私权保护角度：
- 员工车辆属于员工的私人财产，车辆内部及其携带的物品属于员工的隐私范畴。
- 除非有合法的理由和程序，否则任何人不得非法搜查或侵犯他人的隐私。保安强制检查员工车辆，很可能侵犯了员工的隐私权。
工厂规章制度角度：
- 即使工厂有相关的规章制度要求对员工车辆进行检查，这种规定也不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果工厂规章制度与法律相抵触，那么该规章制度是无效的。员工有权拒绝执行违法的规章制度，并可以寻求法律保护。
法律建议：
- 如果遇到工厂保安强制检查车辆的情况，员工可以明确拒绝，并告知保安他们没有这样的权力。
- 如果保安坚持进行强制检查，员工可以记录下相关情况（如时间、地点、保安姓名等），并向工厂管理层或相关部门投诉。
- 如果情况严重，员工还可以考虑向公安机关报案，维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果保安的强制检查行为被认定为违法，他们可能会面临法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
- 工厂如果放任或支持保安的违法行为，也可能承担相应的法律责任。
综上所述，工厂保安强制检查员工车辆是违法的。员工应该了解自己的权益，并在遇到违法行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。