交警进工厂查车，在符合法定程序和条件的情况下，是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据与执法权限

交警作为交通管理部门，其职责是维护道路交通秩序，预防和减少交通事故，保护人身安全，保护公民、法人和其他组织的财产安全及其他合法权益，提高通行效率。根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交警有权在道路上执行交通管理任务，包括检查车辆、驾驶员的证件，查处交通违法行为等。虽然工厂内部道路一般不属于公共道路，但如果工厂内部道路允许社会车辆通行，或者工厂与外界道路相连且未设置明显的隔离设施，那么这些道路在法律上可能被视为“道路”的一部分，交警有权在此类道路上进行执法检查。

执法程序与条件

交警进入工厂查车，必须遵循法定的执法程序。这通常包括：

1. 出示执法证件：交警在执法时，应当出示有效的执法证件，以证明其身份和执法权限。
2. 有明确的执法目的：交警进入工厂查车，应当有明确的执法目的，如查处交通违法行为、调查交通事故等。
3. 遵守法定程序：在检查过程中，交警应当遵守法定程序，如依法扣留车辆、驾驶证等，并出具相应的法律文书。

特殊情况下的执法

在某些特殊情况下，交警可能无需进入工厂内部道路即可进行执法。例如：

1. 工厂门口或周边道路：如果工厂门口或周边道路存在交通违法行为，交警有权在此类道路上进行执法检查。
2. 工厂车辆外出时：如果工厂车辆在外出过程中存在交通违法行为，交警有权在公共道路上对其进行查处。

工厂与员工的权益保护

对于工厂和员工而言，如果交警进入工厂查车，应当注意以下几点：

1. 配合执法：工厂和员工应当积极配合交警的执法工作，提供必要的协助和便利。
2. 了解权益：工厂和员工有权了解交警的执法依据和程序，以及自己的合法权益。如果认为交警的执法行为存在不当之处，可以依法提出异议或申诉。
3. 保护隐私：在执法过程中，交警应当尊重工厂和员工的隐私权，不得非法搜查或侵犯其合法权益。

可能的法律后果

如果交警在执法过程中存在违法行为或不当行为，如未出示执法证件、滥用职权等，工厂和员工有权依法维护自己的合法权益。这可能包括向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。

总结与建议：交警进工厂查车在符合法定程序和条件的情况下是合法的。工厂和员工应当积极配合交警的执法工作，同时了解自己的合法权益并依法维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。