针对您提出的“公司病假规定一天以上病假必须二级及以上医院开具的病假单才有效，这是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们要明确的是，随着医疗保险制度的建立及完善，医疗费用负担主体已经由用人单位转为社会保险体系中的医保基金。这意味着，用人单位不再承担劳动者就医的全部费用，因此，其强行要求劳动者前往指定医院就诊的前提已不存在。

其次，从法律角度来看，凡是经卫生行政主管部门核准具有资质的医疗机构，并由具有治疗、处方资质的医疗人员进行的诊疗行为，其合法性和权威性理应被确认。这表示，只要医疗机构具备相应的资质，且医疗人员具备治疗、处方资质，那么他们开具的病假单就应当具有法律效力。

再者，用人单位虽然有权对存疑的病假证明提出质疑，但患病劳动者也享有根据病情轻重缓急程度、便利情况，参考以往的病例治疗需要以及专业信任度来选择合适的医院就诊的权利。用人单位要求劳动者患病时应至指定医院就诊，或是提交指定医院病假单的要求，实际上是缺乏法律依据的。

最后，我们还需要认识到，用人单位出于维持人力经营成本的需要，对于患病的劳动者依据规章制度进行管理，并采取措施避免“泡病假”现象的发生，这是可以理解的。但是，在就医的过程中，选择哪家医疗机构是劳动者的自由。当然，劳动者也有义务履行请假手续，依法享受病假待遇。

综上所述，公司规定一天以上病假必须二级及以上医院开具的病假单才有效，这一规定在法律上可能缺乏充分的依据。用人单位在制定病假管理制度时，应当遵循合法、合规的原则，尊重劳动者的就医选择权，同时确保制度的公平性和可操作性。如果公司对此有特别的规定，建议劳动者先与公司进行沟通协商，或者咨询专业的法律人士以获取更准确的法律意见。