分公司申报残保金时，若残疾员工是与总公司签订的劳动合同，一般情况下是可以进行认证的，但具体还需根据当地残保金政策及实际操作要求来确定。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律政策角度

1. 残保金政策的基本原则：残保金（残疾人就业保障金）是为了保障残疾人权益，促进残疾人就业而设立的专项资金。其缴纳和认证通常与用人单位实际雇佣的残疾员工数量及比例有关，而非单纯依据劳动合同的签订主体。

2. 劳动合同与实际用工关系：虽然劳动合同是与总公司签订的，但若残疾员工实际在分公司工作，且分公司能够证明该员工为其实际用工，那么从政策层面讲，该员工应计入分公司的残疾员工数量。

二、实际操作角度

1. 地方政策差异：不同地区对于残保金的缴纳和认证可能有具体的实施细则或操作指南。有些地方可能明确要求劳动合同必须与申报单位签订，而有些地方则可能更注重实际用工关系。因此，分公司需详细了解并遵循当地的具体政策。

2. 证明材料的准备：为了顺利通过认证，分公司可能需要准备一系列证明材料，如残疾员工的劳动合同、工资发放记录、社保缴纳证明、工作证明等，以证明该员工虽与总公司签订合同，但实际在分公司工作。

3. 与主管部门的沟通：在申报过程中，分公司应积极与当地残联或相关部门沟通，了解具体的申报要求和流程，确保申报材料的完整性和准确性。

三、法律建议

1. 提前了解政策：在申报前，分公司应详细了解当地的残保金政策，特别是关于劳动合同签订主体与实际用工关系方面的规定。

2. 完善证明材料：根据政策要求，准备齐全的证明材料，确保能够充分证明残疾员工与分公司的实际用工关系。

3. 保持与主管部门的沟通：在申报过程中，及时与主管部门沟通，解决可能遇到的问题，确保申报工作的顺利进行。

若在实际操作中遇到困难或疑问，分公司可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。