针对您提出的“挪用资金超过三个月归还已过刑法追诉期怎么样处理”的问题，我将从法律定性、追诉期、以及可能的法律后果三个方面为您详细解答。
一、法律定性
首先，我们需要明确的是，挪用资金超过三个月未还，即便后来归还了，这一行为本身已经构成了挪用资金罪。根据我国《刑法》的相关规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，就构成了挪用资金罪。这里的“数额较大”一般指的是一万元至三万元以上。
二、追诉期问题
关于追诉期，它是指刑事法律规定的，对犯罪人追究刑事责任的有效期限。对于挪用资金罪，其追诉期并不是简单地以“超过三个月未还”为界限来计算的。实际上，追诉期的计算要复杂得多，它涉及到犯罪行为的性质、情节、以及可能判处的刑罚等多个因素。但重要的是，一旦犯罪行为被认定，且在追诉期内，司法机关就有权进行追诉。
对于您提到的“已过刑法追诉期”的情况，这需要具体分析。如果挪用资金的行为发生在很久之前，且已经超过了法律规定的追诉期限，那么从法律上讲，司法机关可能无法再对其进行刑事追诉。但是，这并不意味着该行为就完全“没事”了。因为，除了刑事追诉外，还可能涉及到民事赔偿、单位内部纪律处分等问题。
三、可能的法律后果
刑事处罚：如果挪用资金的行为尚未超过追诉期，且被司法机关认定构成犯罪，那么行为人可能会面临三年以下有期徒刑或者拘役的刑事处罚。如果挪用资金数额巨大，或者数额较大但不退还的，处罚会更重，可能面临三年以上十年以下有期徒刑。
民事赔偿：无论是否超过追诉期，挪用资金的行为都可能给单位造成经济损失。因此，行为人可能需要承担民事赔偿责任，赔偿单位因资金被挪用而遭受的损失。
单位内部纪律处分：除了法律处罚外，单位还可能根据内部规章制度对行为人进行纪律处分，如警告、记过、降职、撤职甚至开除等。
总结与建议
综上所述，挪用资金超过三个月归还，即便后来归还了，也可能构成挪用资金罪，并面临刑事处罚、民事赔偿以及单位内部纪律处分等法律后果。如果已经超过了刑法追诉期，那么刑事处罚的可能性会降低，但民事赔偿和单位内部纪律处分仍可能存在。
因此，我建议您：
主动承担责任：如果确实存在挪用资金的行为，应主动向单位承认错误，并积极配合单位进行调查和处理。
协商赔偿事宜：与单位协商赔偿事宜，尽量弥补因挪用资金给单位造成的损失。
咨询专业律师：如果情况复杂或存在争议，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。