针对您提出的“挪用资金数额巨大超过三个月已归还后被发现怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

1. 法律定性：

   • 挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。在您描述的情况下，由于挪用资金数额巨大且超过三个月，尽管最终已归还，但这一行为仍然可能构成挪用资金罪。

2. 已归还的影响：

   • 已归还挪用的资金，可以作为量刑时的一个考虑因素，表明犯罪嫌疑人有一定的悔罪表现，可能在一定程度上减轻处罚。然而，这并不意味着可以完全免除刑事责任。因为挪用资金罪的成立并不以资金是否归还为唯一标准，而是看挪用行为本身是否符合犯罪构成要件。

3. 法律后果：

   • 如果构成挪用资金罪，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑。具体量刑还会考虑犯罪情节、悔罪表现、社会危害程度等因素。
   • 在司法实践中，法院会综合考虑各种因素，如挪用资金的数额、时间、用途、是否归还、归还时间、犯罪嫌疑人的认罪态度等，来决定最终的刑罚。

4. 建议措施：

   • 主动投案自首：如果尚未被发现或立案，建议犯罪嫌疑人主动向公安机关投案自首，如实供述自己的罪行，这有助于争取从轻或减轻处罚。
   • 积极退赔：尽管资金已经归还，但犯罪嫌疑人仍应积极配合调查，表明自己的悔罪态度，并可能需要承担一定的民事赔偿责任（如果给单位造成了其他损失）。
   • 寻求法律帮助：建议犯罪嫌疑人或其家属尽快咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果，以便制定合适的辩护策略。

5. 特殊情况考虑：

   • 如果挪用资金的行为是为了单位利益或者有其他特殊情况，可能在量刑时会有所考虑。但这需要具体的证据和事实来支持，且最终决定权在法院。

总结来说，挪用资金数额巨大超过三个月已归还后被发现，仍然可能构成挪用资金罪，并面临相应的刑事处罚。然而，已归还的行为、犯罪嫌疑人的悔罪表现等因素，都可能在量刑时起到一定的减轻作用。因此，建议犯罪嫌疑人或其家属尽快咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果，以便制定合适的应对策略。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。