挂靠协议被认定无效后，纳税义务人的确定需结合协议无效原因、实际经营主体及税法规定综合判断，具体分以下两种情形：

1. 若挂靠协议因违反法律强制性规定（如资质挂靠、虚构交易等）被认定无效，但实际经营行为真实发生：

   • 增值税层面：根据《增值税暂行条例》及实施细则，纳税义务人为实际提供应税劳务、转让无形资产或销售不动产的单位或个人。即使挂靠协议无效，若被挂靠方实际收取款项并开具发票，可能被认定为纳税义务人；但若挂靠方以自身名义经营并独立核算，挂靠方应为纳税义务人。
     
   • 企业所得税层面：根据《企业所得税法》，纳税义务人为实际取得收入的组织或个人。若被挂靠方将收入纳入自身账簿并申报纳税，则由其承担；若挂靠方独立核算，则由挂靠方承担。
     
   • 关键点：税务机关通常以“实质重于形式”原则判定纳税义务人，重点审查资金流向、发票开具、合同签订等实际经营痕迹。
     

2. 若挂靠协议因程序瑕疵（如未备案、格式不规范）被认定无效，但双方存在真实挂靠关系：

   • 此时协议无效不影响实际经营主体的纳税义务。若被挂靠方允许挂靠方使用其名义经营，且双方约定由被挂靠方统一纳税，则被挂靠方为纳税义务人；若挂靠方以自身名义经营，则挂靠方自行承担纳税义务。
     
   • 例外情形：若挂靠方以被挂靠方名义对外经营但未支付管理费，或被挂靠方未实际参与经营，税务机关可能直接追究挂靠方的纳税责任。
     

实务建议：

• 挂靠双方应在协议中明确纳税义务承担条款，即使协议无效，该条款仍可能作为判断依据之一；
  
• 发生纠纷后，及时向税务机关申报实际经营情况，避免因隐瞒导致滞纳金或罚款；
  
• 若对纳税义务人认定有异议，可申请税务行政复议或提起行政诉讼。
  

提示：挂靠协议无效后的税务处理需结合具体案情，如有复杂情形，可直接向我提供细节，我会进一步分析。