当挂靠协议被认定为无效后，处理起来需要遵循一定的法律原则和程序。以下是对此问题的详细解答：
一、明确挂靠协议无效的法律后果
挂靠协议无效，意味着双方基于该协议所建立的权利义务关系不再受法律保护。具体来说，可能会产生以下法律后果：
合同无效，不具有法律约束力：
- 挂靠人与被挂靠人之间不再享有和承担原合同约定的权利和义务。
连带责任：
- 如果挂靠行为导致了建设单位或其他第三方的损失，挂靠人与被挂靠人可能需要承担连带赔偿责任。
工程款结算问题：
- 工程是否验收合格成为能否结算工程款的关键。如果工程验收合格，承包人（实际施工人）可以请求参照合同约定支付工程价款；如果验收不合格，则可能面临修复、承担修复费用以及逾期完工的违约责任，甚至可能无法获得工程价款。
二、处理挂靠协议无效的具体步骤
梳理合同内容，明确双方责任：
- 首先，需要仔细审查挂靠协议的内容，明确双方的权利义务以及违约责任等条款，为后续处理提供依据。
评估损失，协商解决方案：
- 双方应共同评估因挂靠协议无效可能产生的损失，并尝试通过协商达成解决方案。这可以包括退还已支付的挂靠费用、分担损失、协商补偿等。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，双方可以寻求法律救济。例如，通过诉讼或仲裁等方式，请求法院或仲裁机构确认挂靠协议的无效性，并裁决双方应承担的责任和赔偿金额。
执行裁决，履行义务：
- 一旦法院或仲裁机构作出裁决，双方应严格按照裁决来履行各自的义务。这包括支付赔偿款、退还费用等。
三、预防挂靠协议无效的建议
为了避免挂靠协议无效带来的法律风险和损失，以下是一些建议：
严格遵守法律法规：
- 在签订挂靠协议前，应充分了解相关法律法规的规定，确保协议内容合法有效。
审慎选择合作伙伴：
- 选择有资质、信誉良好的合作伙伴进行合作，降低因对方违约或违法行为导致的风险。
完善合同条款：
- 在挂靠协议中明确双方的权利义务、违约责任以及争议解决方式等条款，为可能出现的纠纷提供解决依据。
加强监管和风险防范：
- 定期对挂靠项目进行监管和风险评估，及时发现和解决潜在的问题。
综上所述，处理挂靠协议无效的问题需要综合考虑法律后果、双方责任以及实际情况等因素。通过明确法律后果、协商解决方案、寻求法律救济以及加强预防和管理等措施，可以有效地降低因挂靠协议无效带来的风险和损失。