单位要证明已经发放给员工钱款，特别是工资，可以遵循以下几个步骤和原则来确保合规性和证据的有效性：

一、书面记录与保存

根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。这是单位证明已发放工资的最直接和有力的证据。书面记录可以包括工资单、工资条或者通过电子系统生成的支付记录，但必须确保有员工的签字确认，以证明员工已经收到并认可了这笔款项。

二、提供工资清单

在支付工资时，用人单位应向劳动者提供一份其个人的工资清单。工资清单应详细列出工资的各个组成部分，如基本工资、奖金、津贴、补贴、扣款项目（如社保、公积金、个人所得税等）以及实发工资等。这样，员工可以清晰地看到自己的工资构成，同时单位也保留了支付工资的证据。

三、避免以实物代替工资

工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。这是为了确保工资的确定性和可流通性，避免因为实物价值的不确定性而引发的纠纷。

四、确保支付对象正确

用人单位应将工资支付给劳动者本人。如果劳动者本人因故不能领取工资，可由其亲属或委托他人代领，但必须确保有合法的委托手续和代领人的身份证明。此外，用人单位也可以委托银行代发工资，但同样需要确保工资准确无误地到达员工账户。

五、在特定情况下一次性付清

根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这是为了确保员工在离职时能够及时、全额地收到应得的工资。

六、利用工资条作为维权凭证

工资条不仅是员工了解自己工资构成的重要工具，也是单位证明已发放工资的重要凭证。在产生纠纷时，工资条可以作为劳动仲裁的重要证据。因此，单位应妥善保管工资条，并确保其真实性和完整性。

综上所述，单位要证明已经发放给员工钱款，特别是工资，需要做到书面记录与保存、提供工资清单、避免以实物代替工资、确保支付对象正确、在特定情况下一次性付清以及利用工资条作为维权凭证。这些措施共同构成了单位证明已发放工资的有效体系。