针对您提出的“农村自建房离婚后可以起诉吗”这一问题，我将结合相关法律法规和实际情况，为您做出详细解答。
首先，农村自建房在离婚后的处理确实是一个复杂的问题，因为它往往涉及到房屋的所有权、使用权以及家庭成员之间的财产分配等多个方面。根据我国法律的相关规定，农村自建房通常属于尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋。在这种情况下，如果双方协议不成，人民法院通常不会直接判决房屋所有权的归属，而是会根据实际情况判决由当事人使用。
关于是否可以起诉：
在房屋取得完全所有权前：如果双方对农村自建房的使用或分配存在争议，且无法通过协商解决，那么任何一方都有权向人民法院提起诉讼。但需要注意的是，此时法院可能不会直接判决房屋的所有权归属，而是会判决房屋的使用权或者根据实际情况进行其他形式的裁决。
在房屋取得完全所有权后：如果农村自建房后来取得了完全的所有权（例如，通过办理了相关的产权证书），并且双方对此仍有争议，那么任何一方都可以再次向人民法院提起诉讼，要求对房屋进行分割或确定所有权归属。
关于起诉的具体情况：
婚前建造的房屋：如果房屋是一方婚前建造的，且婚后双方共同居住使用，但没有特别的约定，那么该房屋通常属于婚前个人财产。但如果因婚前建房而产生的债务是用婚后共同财产偿还的，那么得到房产的一方应按偿还债务总额的一半给另一方相应的补偿。
婚后共同建造或出资的房屋：如果房屋是婚后双方共同建造或出资的，那么该房屋通常属于夫妻共同财产。在离婚时，双方应协商分割或由法院根据具体情况进行判决。
家庭共同房产：如果房屋属于家庭共同房产（例如，婚前即已存在的家庭共同房产或原属一方父母的房产结婚后没有明确给夫妻双方的），那么在离婚时不能作为夫妻共有财产予以分割，而是需要按照家庭成员的财产份额进行分配。
建议：
在处理农村自建房离婚问题时，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，再考虑通过法律途径解决。
在起诉前，建议咨询专业的律师或法律机构，了解相关的法律法规和诉讼程序，以便更好地维护自己的合法权益。
在诉讼过程中，应提供充分的证据来支持自己的主张，例如房屋建造的时间、出资情况、使用情况等。
综上所述，农村自建房离婚后是可以起诉的，但具体的情况和结果需要根据房屋的所有权情况、双方的出资情况以及法院的判决来确定。希望以上解答能够对您有所帮助。