在建设工程合同中，计算合同收入时，保证金通常不被直接扣除，而是根据合同的具体约定和实际情况来处理。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同约定优先

• 合同条款：首先，需要查看建设工程合同中关于保证金的具体条款。合同中可能会明确规定保证金的处理方式，包括是否扣除、何时扣除以及扣除的条件等。
• 约定效力：如果合同中有明确约定，那么双方应当按照合同约定执行。这意味着，如果合同规定在计算合同收入时需要扣除保证金，那么就应当扣除；反之，则不应扣除。

2. 保证金性质与目的

• 保证金性质：保证金通常是为了确保承包人履行合同义务而设立的，如保证工程质量、按时完工等。它并非合同收入的一部分，而是对承包人履行合同的一种担保。
• 目的实现：在合同履行过程中，如果承包人违反了合同约定，发包人可能会根据合同条款扣除部分或全部保证金作为违约赔偿。但这并不意味着在计算合同收入时就需要直接扣除保证金。

3. 实际履行情况

• 合同履行：在计算合同收入时，应主要考虑合同的实际履行情况。如果承包人已经按照合同约定完成了工程，并且没有违反合同条款，那么发包人就没有理由扣除保证金。
• 违约处理：如果承包人存在违约行为，发包人可以根据合同条款扣除相应的保证金作为赔偿。但这种扣除是在违约处理过程中进行的，而不是在计算合同收入时直接扣除。

4. 法律与财务处理

• 法律原则：根据法律原则，合同收入应当基于实际完成的工程量和合同约定的单价来计算。保证金作为对合同履行的一种担保，并不直接构成合同收入的一部分。
• 财务处理：在财务处理上，保证金通常会被单独列示，并在合同履行完毕后根据实际情况进行退还或扣除。因此，在计算合同收入时，不需要考虑保证金的扣除问题。

5. 特殊情况处理

• 合同变更或解除：如果合同在履行过程中发生了变更或解除，双方可能需要重新协商保证金的扣除问题。在这种情况下，应根据新的合同条款或协商结果来处理保证金。
• 争议解决：如果双方对保证金的扣除问题存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。在解决争议的过程中，应依据合同条款和法律规定来作出裁决。