食品公司扣保证金是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度为您详细阐述：

1. 合同约定角度

• 合法情形：若食品公司与供应商、经销商等合作方在合同中明确约定了保证金条款，包括保证金的金额、用途、扣减条件及返还方式等，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么食品公司按照合同约定扣保证金是合法的。例如，合同中约定若合作方违反食品安全规定，食品公司有权扣除一定比例的保证金作为违约赔偿，此种情况下扣保证金具有合法依据。
• 不合法情形：若合同中未约定保证金条款，或约定不明确，食品公司擅自扣保证金则可能构成违法。此外，即使合同中有约定，但约定违反法律、行政法规的强制性规定（如约定过高的违约金，远超实际损失），该约定也可能被认定为无效，食品公司据此扣保证金同样不合法。

2. 法律规定角度

• 食品安全相关法律：根据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规，食品公司有义务确保食品安全，若合作方违反食品安全规定，食品公司有权采取相应措施，包括但不限于解除合同、要求赔偿等。但法律并未直接规定食品公司可以扣保证金，因此，扣保证金的行为需基于合同约定或法律规定的其他权利。
• 合同法原则：根据《中华人民共和国民法典》合同编的规定，当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。若食品公司扣保证金的行为显失公平，或未给予合作方合理的申诉、救济途径，该行为可能因违反公平原则而被认定为不合法。

3. 实际操作角度

• 合理扣减：在合同有约定且合法的前提下，食品公司扣保证金应确保扣减的金额与违约行为或损失相当，不得随意扩大扣减范围或金额。例如，合作方仅因轻微违规被警告，食品公司却扣除全部保证金，显然不合理。
• 程序合规：食品公司扣保证金前，应确保已履行通知、告知等程序义务，给予合作方陈述、申辩的机会。若未经合法程序直接扣保证金，可能构成程序违法。

法律建议

• 审查合同：若您作为合作方，发现食品公司扣保证金，首先应审查合同中关于保证金的约定，判断扣保证金的行为是否符合合同约定。
• 收集证据：若认为食品公司扣保证金的行为不合法，您应收集相关证据，如合同、沟通记录、扣款凭证等，以备后续维权之需。
• 协商或诉讼：您可先与食品公司协商解决，若协商无果，可依法向人民法院提起诉讼，要求返还被扣的保证金及赔偿损失。

若您遇到食品公司扣保证金的问题，且不确定是否合法，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。