结论前置：公司发工资时扣除三千多元是否违法，需结合扣除的具体项目和原因来判断。若扣除项目不符合法律规定或扣除比例超出法定范围，则公司行为可能违法。

1. 扣除项目需合法

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在支付工资时，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“克扣”指的是用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。若公司扣除的三千多元属于非法扣除项目，如罚款、押金等，则显然违反了法律规定。

合法扣除项目示例：

• 社会保险费：用人单位和劳动者需依法缴纳社会保险费，这部分费用会从工资中扣除。
• 个人所得税：根据个人所得税法，劳动者需缴纳个人所得税，这部分也会从工资中扣除。
• 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：若劳动者有相关法律义务，用人单位需代扣。
• 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用：如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失的赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

2. 扣除比例需合规

即使扣除项目合法，扣除比例也需符合规定。以经济损失赔偿为例，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除三千多元后，劳动者的剩余工资低于当地月最低工资标准，则公司行为违法。

计算公式（以经济损失赔偿为例）：

• 合法扣除上限 = 当月工资 × 20%
• 剩余工资 = 当月工资 - 合法扣除金额
• 若剩余工资 < 当地月最低工资标准，则扣除违法。

3. 具体情境分析

• 若扣除项目非法：如公司以罚款、押金等名义扣除工资，则显然违法。劳动者有权要求公司补发被扣工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 若扣除项目合法但比例超标：如经济损失赔偿扣除比例超过20%，或扣除后剩余工资低于最低工资标准，则公司行为违法。劳动者同样有权要求补发差额部分。
• 若扣除项目合法且比例合规：如依法缴纳的社会保险费、个人所得税等，则公司行为合法。但劳动者应确保扣除金额准确无误。

建议：

• 劳动者应仔细核对工资条，了解扣除项目的具体内容和金额。
• 若对扣除项目或金额有疑问，可向公司人力资源部门或财务部门咨询。
• 若认为公司行为违法，可收集相关证据（如工资条、劳动合同等），向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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