购房实际支付金额与税票金额不一致是不合法的。针对您提出的问题，我将从以下几个方面进行分析：

一. 法律法规依据

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。这意味着，发票金额应当与实际交易金额相符，否则可能被视为不符合规定的发票。

二. 税务风险

1. 虚开发票的风险：当发票金额高于实际支付金额时，可能涉嫌虚开发票，这是税务违法行为，可能面临税务部门的处罚。
2. 偷税漏税的风险：当发票金额低于实际支付金额时，可能涉嫌偷税漏税。因为发票金额少报，可能导致应缴纳的税款减少，这也是税务部门严格监管和处罚的行为。

三. 合同履行问题

根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条和第五百七十七条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果购房发票金额和实际金额不一致，可能表明合同双方并未按照约定履行义务，这可能引发合同纠纷。特别是在一方主张按照发票金额履行，而另一方主张按照实际支付金额履行的情况下，双方可能需要通过法律途径解决争议。

四. 针对您具体情况的分析

您提到购房实际支付了50万，但税票上只显示了25万，这种情况显然是不符合法律法规要求的。如果这是中介操作的结果，那么中介可能涉嫌协助偷税漏税或虚开发票的行为，这是严重的违法行为。

我的建议：

• 您应立即与中介沟通，要求他们更正税票金额，确保与实际支付金额一致。
• 如果中介无法或拒绝更正，您可以向当地税务部门举报此行为，以维护自己的合法权益。
• 同时，您也可以考虑寻求法律途径解决此问题，包括但不限于咨询专业律师或向法院提起诉讼。

最后，我强烈建议您在购房过程中保持警惕，确保所有交易环节都符合法律法规的要求，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。