结论：政府对于违建超高部分通常不予补偿，但若存在特殊政策规定，可能会有部分特殊处理。政府通知自拆超高部分并给予几万元补偿是否合理合法，需结合具体情况判断。
分析：
违建超高部分的补偿原则：
- 通常情况下，违建超高部分是不予补偿的。因为违建本身不符合法律规定，其存在违反了城乡规划等相关法律法规。政府拆除违建是依法行使职权，旨在维护城市规划和公共利益。
合法建筑部分的补偿：
- 如果房屋主体是合法建造的，只是存在超高违建部分，那么合法的主体建筑部分通常会有补偿。这部分补偿会按照当地合法房屋的拆迁补偿标准来执行，一般包括房屋价值补偿、因拆迁造成的搬迁安置补偿等。
特殊情况下的补偿：
- 在一些特殊情况下，比如当地政府有相关政策规定，对于符合一定条件的违建超高部分给予适当补助等，可能会有部分特殊处理。但这种情况较为罕见，且需要符合政府的具体政策要求。
政府通知自拆并给予补偿的合理性判断：
- 政府通知自拆超高部分并给予几万元补偿，是否合理合法，需结合具体情况判断。如果这几万元是针对合法建筑部分的补偿，且符合当地拆迁补偿标准，那么是合理合法的。但如果这几万元是针对违建超高部分的补偿，且没有相关政策依据，那么可能存在不合理之处。
建议：
- 核实补偿性质：首先，需要核实政府给予的几万元补偿是针对合法建筑部分还是违建超高部分。如果是针对合法建筑部分，可以进一步了解补偿标准是否合理；如果是针对违建超高部分，需要询问政府是否有相关政策依据。
- 了解当地政策：其次，需要了解当地政府对于违建的处理政策，以及是否存在对违建超高部分的特殊补助规定。这有助于判断政府通知自拆并给予补偿的合理性。
- 通过合法途径维权：如果对政府的补偿决定有异议，可以通过合法途径维权，如申请行政复议、提起行政诉讼等。在维权过程中，需要提供充分的证据和理由，以支持自己的主张。
法律后果：
- 如果政府依法行使职权，对违建超高部分进行拆除，且没有给予不合理补偿，那么被拆迁人需要积极配合拆迁工作，否则可能面临强制拆除等法律后果。
- 如果政府给予的补偿不合理或没有法律依据，被拆迁人可以通过合法途径维权，要求政府重新作出补偿决定或给予合理补偿。在维权过程中，如果违反法律规定或干扰政府正常工作秩序，可能会面临法律责任。
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