针对您提出的“农民自建房超高村委会罚款是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，农村自建房超高和超平方确实属于违反乡村建设规划许可的行为。这类行为会依据《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国土地管理法》以及地方性的农村宅基地管理办法等法律法规进行处罚。
关于村委会罚款的合法性：
村委会作为基层群众性自治组织，它本身并不具备行政处罚权，也就是说，它没有权力直接对违规建房的农民进行罚款。罚款这一行政处罚措施，通常是由具有行政处罚权的行政机关，如城乡规划部门、土地管理部门等来执行的。
如果农民自建房超高，可能会面临哪些处罚：
如果未履行审批手续建房：
- 若自建房超高超平方，但通过整改能够符合乡村建设规划要求，相关部门会责令限期改正，并处以建设工程造价5%以上10%以下的罚款。
- 如果无法通过整改达到规划要求，相关部门会责令限期拆除，逾期不拆除的，可能会被强制拆除，并处以建设工程造价10%以下的罚款。
如果履行了审批手续，但超标准建设：
- 对于超占宅基地面积的情况，根据《土地管理法》，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。超占的土地以非法占用土地论处，可能会要求缴纳费用后继续使用，或责令退还超占土地并拆除新建房屋。
- 对于房屋超高的情况，各地对农村房屋高度有明确规定，超过规定高度的，可能会责令限期改正并消除安全隐患。若不及时改正，将面临罚款等处罚。
建议与措施：
- 在建房前，建议您仔细了解并遵守当地的规划和建筑规定，以避免违规行为。
- 如果已经出现超高或超平方的情况，应尽快与当地相关部门联系，了解具体处罚措施和整改要求，并积极配合进行整改。
- 由于不同地区规定可能有所不同，处理此类问题时最好咨询当地专业律师或相关部门，以获取最准确的信息和建议。
综上所述，农民自建房超高时，村委会本身并没有权力直接罚款。罚款等行政处罚措施应由具有行政处罚权的行政机关来执行。如果您面临此类问题，建议及时与当地相关部门沟通并咨询专业律师。