双方达成调解协议且原告同意撤诉，但法院未撤诉的，调解协议本身仍然有效，但诉讼程序可能继续进行。以下从不同角度为您详细分析：
一、调解协议的效力
调解协议是双方自愿协商达成的纠纷解决方案，只要其内容是双方真实意愿的表达，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，就具有法律效力。这意味着，无论法院是否撤诉，调解协议本身都是有效的，双方应当按照协议内容履行各自的义务。
二、法院未撤诉的可能原因及影响
法院审查程序：
- 原告申请撤诉后，法院需要对撤诉申请进行审查。审查的内容包括撤诉是否损害国家、集体和他人合法权益，是否存在规避法律等违法情形。
- 如果法院认为撤诉申请符合法律规定，通常会裁定准许撤诉，诉讼程序终结。但如果法院认为撤诉申请存在问题，可能会裁定不准许撤诉，诉讼程序继续进行。
诉讼程序继续的影响：
- 如果法院未撤诉，诉讼程序将继续进行。这可能导致双方需要继续参与诉讼活动，如提交证据、参加庭审等。
- 从程序上看，若双方达成调解协议且已履行完毕，法院通常会在审查调解协议后依职权出具调解书结案。若一方不履行调解协议，另一方可凭调解书申请强制执行。但若调解协议未履行或履行存在争议，且法院未撤诉，则诉讼程序可能继续，直至法院作出最终判决。
三、是否撤诉的综合考量
撤诉的优点：
- 撤诉可以快速终结诉讼程序，节省双方的时间和精力。
- 如果调解协议已经履行或双方有明确的履行安排，撤诉可以避免不必要的诉讼干扰。
不撤诉的考量：
- 如果担心对方不履行调解协议，不撤诉可以保留后续权利。因为撤诉后，如果对方不履行协议，往往需要重新起诉，这可能会增加诉讼成本和时间。
- 不撤诉也可以在一定程度上对违约方起到约束作用，因为诉讼程序的存在可能促使对方更加积极地履行调解协议。
四、建议与风险提示
建议：
- 在达成调解协议后，双方可以协商是否撤诉，并根据协商结果向法院提出申请。
- 如果决定撤诉，应确保调解协议已经履行或双方有明确的履行安排，以避免撤诉后对方不履行协议的风险。
- 如果不撤诉，应做好继续参与诉讼活动的准备，并关注诉讼程序的进展。
风险提示：
- 如果法院未撤诉且调解协议未履行或履行存在争议，双方可能需要继续参与诉讼活动，并承担相应的诉讼风险。
- 如果撤诉后对方不履行调解协议，重新起诉可能会面临一些程序上的繁琐和诉讼成本增加的风险。
举例说明：假设甲和乙因合同纠纷诉至法院，诉讼过程中双方达成调解协议，约定乙在一定期限内支付甲一笔款项以解决纠纷。甲同意撤诉并向法院提出申请，但法院在审查过程中发现乙存在其他违约行为可能损害甲的利益，因此裁定不准许撤诉。此时，调解协议仍然有效，但诉讼程序将继续进行。如果乙最终未按照调解协议履行支付义务，甲可以凭调解协议申请强制执行或要求法院继续审理并作出判决。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。