针对公司通过代表通过的制度个别员工不遵守的情况，以下是从不同角度给出的分析和建议：
制度合法性与合规性审查：
- 首先，需要确认公司通过代表制定的制度是否符合法律法规的要求，以及是否经过了合法的民主程序（如职工代表大会讨论、协商等）。如果制度本身存在合法性问题，那么员工不遵守可能并非完全出于个人原因，而是对制度合法性的质疑。
- 建议：公司应定期对内部制度进行合法性审查，确保所有制度都符合国家法律法规的要求，并经过了合法的制定程序。
制度宣传与培训：
- 即使制度本身合法合规，如果员工对制度内容不了解或理解有误，也可能导致不遵守的情况。
- 建议：公司应加强对制度的宣传和培训，确保每位员工都清楚制度的内容、目的和意义，以及不遵守可能带来的后果。
个别员工沟通与教育：
- 对于个别不遵守制度的员工，公司应首先尝试与其进行沟通，了解其不遵守的原因，并对其进行教育，引导其遵守制度。
- 建议：在沟通过程中，公司应保持耐心和尊重，避免使用过于强硬或威胁的语言，以免激化矛盾。
制度执行与监督：
- 如果员工在沟通和教育后仍然不遵守制度，公司应考虑采取更进一步的措施，如警告、罚款、降职或解雇等。但在此之前，公司应确保制度的执行和监督机制是完善和有效的。
- 建议：公司可以设立专门的监督机构或指定专人负责制度的执行和监督，确保制度得到切实执行。同时，对于违反制度的行为，公司应及时进行处理，以维护制度的权威性和严肃性。
法律后果与风险防范：
- 如果员工的不遵守行为给公司带来了损失或影响了公司的正常运营，公司可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。但在此之前，公司应评估法律诉讼的成本和风险，以及可能带来的后果。
- 建议：在决定采取法律途径之前，公司可以咨询专业律师的意见，了解法律诉讼的可行性和风险。同时，公司也可以考虑与员工进行协商或调解，以寻求更和平、更经济的解决方案。
持续改进与反馈机制：
- 公司应建立持续改进和反馈机制，定期收集员工对制度的意见和建议，并根据实际情况对制度进行修订和完善。
- 建议：公司可以设立意见箱或开展定期的员工满意度调查，以了解员工对制度的看法和需求。同时，公司也可以鼓励员工提出改进制度的建议，并对提出有价值建议的员工给予奖励。
总结来说，针对公司通过代表通过的制度个别员工不遵守的情况，公司应从制度合法性与合规性审查、制度宣传与培训、个别员工沟通与教育、制度执行与监督、法律后果与风险防范以及持续改进与反馈机制等多个角度进行考虑和处理。如果公司在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。