当附加合同（通常称为补充协议）与主合同发生冲突时，处理这一问题需要遵循一定的法律原则和步骤，以确保双方权益得到妥善保障，并符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、基本原则
补充协议的优先性：
- 在大多数情况下，如果补充协议与主合同存在冲突，应以补充协议为准。这是因为补充协议通常是在主合同基础上，针对新情况、新问题或双方协商一致后进行的修改、补充或完善。它反映了双方最新的意思表示和协商结果。
查看明确约定：
- 如果主合同和补充协议中明确约定了冲突解决方式（例如“以补充协议为准”），则应优先遵循该约定。这是基于合同双方自主意思表示的尊重，只要该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，即具有法律效力。
补充协议的独立性：
- 尽管补充协议是主合同的从属文件，但其本身也是一份具有法律效力的独立协议。在处理冲突时，应与主合同同等对待，考虑其合法性和有效性。
二、处理步骤
认真阅读和理解协议：
- 双方应全面、准确地理解主合同及补充协议的内容，特别是关于冲突解决的条款。这有助于明确双方的权利和义务，为后续处理提供基础。
沟通协商：
- 发现冲突后，双方应及时进行沟通，尝试通过解释疑义或请第三方参与协商来达成共识。这有助于减少误解和纠纷，促进双方的合作。
寻求法律专业人士的帮助：
- 若双方无法自行解决冲突，应咨询法律专业人士，获取专业的法律建议和解决方案。法律专业人士可以根据具体情况和法律规定，为双方提供合理的处理建议。
综合考虑多方面因素：
- 若冲突涉及合同核心条款或对当事人权益产生重大影响，需综合考虑合同签订背景、当事人真实意思表示、公平原则及交易习惯等因素。这有助于确保处理结果的公正性和合理性。
重新签订协议或采取法律手段：
- 在充分沟通和协商的基础上，双方可重新签订协议以解决冲突。若仍无法解决，可通过申请仲裁（如有仲裁条款）或向有管辖权的人民法院提起诉讼的方式解决纠纷。
三、注意事项
明确约定冲突解决方式：
- 在签订补充协议时，应明确约定冲突解决方式，以避免后续纠纷。这有助于减少双方在处理冲突时的争议和不确定性。
进行合法性审查：
- 在签订任何协议之前，应进行合法性审查，确保协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益和他人合法权益。这有助于确保协议的合法性和有效性。
四、例外情况
- 审批与备案要求：如果主合同或补充合同的生效需要特定的批准程序，而补充合同未经批准，或者招投标的合同补充协议构成对主合同的实质性变更却未经备案，那么在这种情况下，可能仍需以主合同为准。
- 主合同无效的影响：主合同的效力状态直接影响补充合同的效力。若主合同无效，补充合同可能因无法独立履行而同样无效；但若主合同已履行，其补充合同仍可能有效。
综上所述，当附加合同与主合同发生冲突时，一般应以补充协议为准进行处理，但需注意综合考虑各方面因素，并在必要时采取法律手段解决纠纷。同时，双方在签订协议时应加强沟通协商，明确约定冲突解决方式，并进行合法性审查，以确保协议的合法性和有效性。