交通补贴算薪金收入，且在一般情况下，休假（如年休假）期间不应扣除交通补贴。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、交通补贴的性质
交通补贴是用人单位给予员工用于弥补因工作产生的交通费用支出的一种福利性补贴。根据相关规定，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资。交通补贴作为补偿职工交通支出的费用，属于工资总额的一部分，因此应算作薪金收入。
二、年休假期间的工资收入
年休假是员工依法享有的权利，休假期间员工与用人单位的劳动关系依然存续。按照法律规定及劳动管理惯例，劳动者在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，这包括基本工资、奖金、津贴等各项货币性收入。因此，在年休假期间，员工应继续享受交通补贴这一薪金收入。
三、公司规定与劳动合同的作用
公司规定：如果用人单位的规章制度明确规定交通补贴是严格按照出勤天数发放，并且该规章制度经过了民主程序制定且已向员工公示告知，那么在这种情况下，公司内部可能存在扣除交通补贴的依据。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的程序要求。
劳动合同：如果劳动合同中也有关于年休假期间交通补贴的具体约定，如明确说明不发放或扣除，那么用人单位可以依据此约定进行扣除。但同样，这种约定需要明确、具体，并且不违反法律法规的强制性规定。
四、员工权益保护
如果劳动者认为用人单位在年休假期间扣除交通补贴的行为侵犯了自身权益，首先应与用人单位进行沟通协商。协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
五、特殊情况下的处理
虽然一般情况下年休假期间不应扣除交通补贴，但如果存在特殊情况，如公司规定或劳动合同中有明确约定，则可能需要根据具体情况进行处理。在这种情况下，建议劳动者仔细阅读公司规定和劳动合同中的相关条款，并咨询专业律师以了解自己的权益和义务。
总结与建议：
交通补贴算薪金收入，员工应依法享受这一福利。
在一般情况下，年休假期间不应扣除交通补贴。但如果公司规定或劳动合同中有明确约定，则可能需要根据具体情况进行处理。
如果劳动者认为自身权益受到侵犯，应首先与用人单位进行沟通协商；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。
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