中标通知书既可以由甲方（采购人）发出，也可以由代理机构发出，这主要取决于双方的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规层面
法规明确规定：
- 根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第四十三条，采购人或者采购代理机构应当自中标、成交供应商确定之日起2个工作日内，发出中标、成交通知书。
- 《工程建设项目货物招标投标办法》第五十条也规定，中标通知书由招标人发出，也可以委托其招标代理机构发出。
- 类似的规定还出现在《政府采购非招标采购方式管理办法》和《政府采购货物和服务招标投标管理办法》中。
法律精神体现：
- 《中华人民共和国政府采购法》和《中华人民共和国招标投标法》虽然未直接规定中标通知书必须由谁发出，但两法的精神已经包括了代理机构可以发出中标通知书的情形。例如，采购人可以委托代理机构办理采购事宜，若采购事宜包括“发出中标、成交通知书”，则代理机构发出中标通知书是合法的。
二、实际操作层面
普遍做法：
- 在实际操作中，由委托代理机构发出中标通知书的做法是一种普遍现象。这主要是因为代理机构在实施采购过程中，从发布采购公告、发售采购文件、接收投标文件，到组织开标、评标等具体环节，都一直站在与投标人打交道的前线，熟悉整个项目流程，因此由他们发出中标通知书更有效率。
风险控制：
- 虽然中标通知书可以由代理机构发出，但采购人作为主体，仍然需要对代理机构的行为进行监督和审核。例如，代理机构发布的招标公告、采购文件、中标公告等，都需经过采购人审核同意后才能发出。这样，采购人可以确保中标结果的准确性和公正性，避免代理机构进行舞弊或发出错误的中标通知书。
三、建议与注意事项
明确约定：
- 在签订委托代理协议时，采购人和代理机构应明确约定中标通知书的发出主体和方式。这可以避免后续因中标通知书发出问题而产生的纠纷。
严格审核：
- 无论中标通知书由谁发出，采购人都应严格审核中标结果和相关文件，确保中标过程的公正性和透明性。
及时沟通：
- 在中标通知书发出后，采购人和代理机构应及时与中标人沟通，确认中标结果和相关事宜，避免因沟通不畅而产生的误解或纠纷。
总结来看，中标通知书的发出主体并非固定不变，而是可以根据双方的约定和相关法律法规的规定进行灵活选择。在实际操作中，应确保中标过程的公正性和透明性，避免因中标通知书发出问题而产生的纠纷。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。