结论：烟证使用房东的开店是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及烟草专卖许可证的使用规定及租赁合同的相关约定。
一、烟草专卖许可证的使用规定
根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，烟草专卖许可证是经营烟草制品的法定凭证，必须由持证人本人使用，不得转借、涂改、伪造或变造。若房东拥有烟草专卖许可证，但实际经营人并非房东本人，而是租户，则可能涉及以下法律问题：
许可证转借问题：若房东将烟草专卖许可证转借给租户使用，而租户并未取得相应的许可证，则属于违法行为。根据《烟草专卖许可证管理办法》的相关规定，烟草专卖许可证的持证人不得出租、出借、转让或者其他形式非法转让烟草专卖许可证。
实际经营人与许可证持有人不一致：即使房东与租户之间有租赁合同，并约定由租户使用房东的许可证进行经营，这种约定也是无效的。因为烟草专卖许可证的持有人必须与实际经营人一致，否则将违反烟草专卖管理的相关规定。
二、租赁合同的相关约定
在租赁合同中，若双方约定由租户使用房东的烟草专卖许可证进行经营，这种约定可能因违反法律强制性规定而无效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。因此，即使双方在租赁合同中有此约定，该约定也不具有法律效力。
三、可能的法律后果
行政处罚：若被烟草专卖行政主管部门发现，可能会面临罚款、没收违法所得、吊销烟草专卖许可证等行政处罚。
民事纠纷：若因许可证使用问题导致房东与租户之间发生纠纷，双方可能需要通过民事诉讼来解决。在诉讼中，法院可能会认定租赁合同中的相关约定无效，并据此作出判决。
四、建议
租户应自行申请许可证：若租户有意经营烟草制品，应自行向烟草专卖行政主管部门申请烟草专卖许可证，确保合法经营。
房东应谨慎出租：房东在出租房屋时，应明确告知租户不得使用其烟草专卖许可证进行经营，并避免在租赁合同中约定此类无效条款。
咨询专业律师：若双方对烟草专卖许可证的使用问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以避免法律风险。
总结：烟证使用房东的开店是否违法，需根据具体情况判断。但无论如何，都应确保烟草专卖许可证的持有人与实际经营人一致，并遵守相关法律法规的规定。若存在疑问或争议，建议及时向我咨询。