针对您提出的“犯罪嫌疑人在审查起诉阶段死亡，扣押在案的违法所得如何处理”这一问题，我将结合相关法律法规及实践操作，为您详细解答。

一、审查起诉阶段犯罪嫌疑人死亡的法律后果

在审查起诉阶段，若犯罪嫌疑人死亡，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条第五项的规定，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。因此，在此阶段，检察院将依法作出不起诉决定，这意味着刑事诉讼程序因一方主体的消失而终止。

二、扣押在案的违法所得的处理原则

尽管刑事诉讼程序因犯罪嫌疑人的死亡而终止，但扣押在案的违法所得仍需依法处理。根据法律规定，违法所得的处理应遵循以下原则：

1. 追缴或责令退赔：对于犯罪嫌疑人违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这是为了恢复被害人的合法权益，防止犯罪嫌疑人通过非法手段获取的利益得以保留。

2. 返还被害人合法财产：对于被害人的合法财产，应当及时返还。这体现了法律对被害人财产权的保护，确保被害人能够尽快恢复其损失。

3. 没收违禁品和供犯罪所用的本人财物：违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这是为了防止这些物品再次被用于犯罪活动，维护社会秩序和公共安全。

三、具体处理流程

1. 检察院提出没收申请：

   • 若犯罪嫌疑人死亡，但有证据证明其存在违法所得或其他涉案财产需要没收的，检察院会依据《刑事诉讼法》规定的犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序，向法院提出没收违法所得的申请。

2. 法院审理与裁定：

   • 法院在收到检察院的没收申请后，将依法进行审理。审理过程中，法院会审查已查明的案件事实和认定的证据材料，确保没收的合法性和合理性。
   • 根据审理结果，法院将作出是否没收的裁定。若裁定没收，则相关财物将上缴国库；若裁定不予没收，则相关财物将依法返还或作其他处理。

四、综合评价与建议

犯罪嫌疑人在审查起诉阶段死亡是一个复杂的法律问题，涉及刑事诉讼程序的终止和违法所得的处理。在处理此类情况时，检察院和法院必须严格遵循法律规定，确保案件的合法性和公正性。

建议：

• 对于犯罪嫌疑人家属或代理人而言，若对检察院的不起诉决定或法院的没收裁定有异议，可以依法提出申诉或复议，维护自身合法权益。
• 对于被害人而言，若其合法财产因犯罪嫌疑人的犯罪行为而遭受损失，且犯罪嫌疑人已死亡，可以通过民事诉讼等途径向犯罪嫌疑人的遗产继承人主张赔偿，以恢复其损失。

综上所述，犯罪嫌疑人在审查起诉阶段死亡时，扣押在案的违法所得将依法进行追缴、责令退赔、返还被害人合法财产或没收等处理。整个处理过程将严格遵循法律规定，确保合法性和公正性。