若存在违反合作协议但同时有劳动关系的情况，需根据具体情形采取不同的法律策略。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合作协议与劳动关系的法律性质
合作协议：通常指的是双方或多方为达成特定商业目的而签订的合同，其中规定了各方的权利、义务和责任。违反合作协议可能构成违约，需要承担相应的违约责任。
劳动关系：是指劳动者与用人单位之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。在劳动关系中，劳动者享有获得劳动报酬、休息休假、社会保险等权利，同时需要遵守用人单位的规章制度，完成工作任务。
二、违反合作协议的法律后果
- 违约责任：根据合作协议的具体条款，违反协议的一方可能需要支付违约金、赔偿损失等。违约责任的承担方式取决于协议中的约定以及违约的严重程度。
三、劳动关系对违反合作协议的影响
劳动关系存续期间：
- 如果在劳动关系存续期间违反了合作协议，用人单位可能依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款对劳动者进行处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 劳动者在承担违约责任的同时，仍需履行劳动合同中的义务，除非劳动合同被依法解除。
劳动关系解除后：
- 如果劳动关系已经解除，但违反合作协议的行为发生在劳动关系存续期间或与之相关，劳动者仍需承担违约责任。
- 此时，用人单位可能通过法律途径追究劳动者的违约责任，如提起民事诉讼要求赔偿损失。
四、应对策略
审查合作协议与劳动合同：
- 仔细审查合作协议和劳动合同中的相关条款，了解各自的权利和义务。
- 确定违反合作协议的具体情形和可能承担的法律责任。
与用人单位协商：
- 在发现可能违反合作协议时，及时与用人单位沟通，寻求协商解决方案。
- 协商可能包括修改合作协议、调整工作任务、支付违约金等。
寻求法律援助：
- 如果与用人单位协商无果，或认为用人单位的处理方式不合法，可以寻求法律援助。
- 律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助劳动者维护合法权益。
准备应对法律诉讼：
- 如果用人单位提起民事诉讼要求赔偿损失，劳动者需要积极准备应对。
- 这包括收集证据、准备答辩材料、参加庭审等。
五、特别提示
- 遵守法律法规：无论在何种情况下，劳动者都应遵守国家法律法规和用人单位的规章制度。
- 及时沟通：发现可能违反合作协议时，及时与用人单位沟通是解决问题的关键。
- 保护自身权益：在承担违约责任的同时，劳动者也应保护自身的合法权益，避免受到不公正的待遇。
若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。