结论前置：行政单位个别科室自制签到表，并以不签到为由扣除考勤工资的行为，其合法性需根据具体情况判断，一般而言，若该制度未经合法程序制定或未合理通知员工，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、制度制定的合法性
制度制定程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”
- 若行政单位个别科室自行制定的签到表及扣款制度未经上述合法程序，即未经职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会或职工代表平等协商，则该制度可能因程序违法而不具备法律效力。
制度内容合理性：
- 即使制度制定程序合法，其内容也需合理。例如，扣款金额需合理，不得过分高于因未签到可能给单位造成的损失。若扣款金额过高，可能被视为对劳动者权益的侵犯。
二、制度通知与告知的义务
- 行政单位有义务将涉及劳动者切身利益的规章制度告知劳动者。若未通过合理方式（如公告、邮件、培训等）将签到表及扣款制度告知员工，员工有权主张不知情，从而拒绝接受该制度的约束。
三、扣款行为的合法性
扣款依据：
- 扣款需有明确的法律依据或合同约定。若行政单位与员工签订的劳动合同中未明确约定未签到可扣款，或相关法律法规未授权行政单位进行此类扣款，则扣款行为可能不合法。
扣款金额限制：
- 即使合同或制度中有扣款约定，扣款金额也需合理。根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
- 若扣款金额超过上述限制，或扣款后员工工资低于最低工资标准，则扣款行为可能不合法。
四、建议与措施
- 对于行政单位：应确保签到表及扣款制度的制定程序合法、内容合理，并通过合理方式告知员工。同时，扣款金额需符合法律法规的限制。
- 对于员工：若认为签到表及扣款制度不合法或不合理，可与单位协商解决；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：行政单位个别科室自制签到表并以不签到为由扣除考勤工资的行为，其合法性需根据制度制定程序、内容合理性、通知与告知义务以及扣款行为的合法性等多方面因素综合判断。若存在程序违法、内容不合理、未履行告知义务或扣款金额超限等情况，则该行为可能不合法。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。