集体厂房和土地使用权以租代购是否违法，需分情况讨论，核心在于是否依法办理了相关审批手续以及是否改变了土地用途。具体分析如下：
一、合法情况
如果集体厂房和土地使用权的“以租代购”行为，是在依法办理了农用地转用审批手续，且符合土地利用总体规划和城乡规划的前提下进行的，那么这种行为是合法的。例如，某些地区为了促进经济发展，会依法将集体土地征收为国有土地，再通过出让或租赁的方式提供给企业使用，这种情况下“以租代购”就是合法的。
二、违法情况
“以租代征”行为：
- 定义：所谓“以租代征”，是指企业或个人以租赁土地的名义，长期占用农地进行非农业建设的行为。这种行为表面上看是租赁关系，实则规避了法定的农用地转用和土地征收审批程序。
- 法律后果：根据《土地管理法》的相关规定，建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。未办理相关手续而擅自改变土地用途进行建设的，构成“以租代征”违法行为，协议可能无效，土地可能被收回，且需承担拆除建筑、恢复土地原状的责任。
非法转让、倒卖土地使用权：
- 定义：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，以牟利为目的，违反土地管理法规，非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的，构成犯罪。
- 法律后果：处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金。
三、具体建议
- 核查审批手续：在参与集体厂房和土地使用权的“以租代购”行为前，务必核查是否已依法办理了农用地转用审批手续，以及是否符合土地利用总体规划和城乡规划。
- 咨询专业意见：由于土地法律问题复杂且专业性强，建议在参与相关行为前咨询专业律师或土地管理部门的意见，以确保行为的合法性。
- 警惕法律风险：对于未经依法审批而擅自改变土地用途进行建设的“以租代征”行为，应坚决避免参与，以免承担法律责任和财产损失。
举例说明：假设某企业欲租赁一块集体土地用于建设厂房，但未依法办理农用地转用审批手续。此时，如果企业与村集体签订了租赁协议并开始建设，那么这种行为就构成了“以租代征”违法行为。一旦被发现，企业可能面临协议无效、土地被收回、建筑被拆除以及罚款等法律后果。
总结来看，集体厂房和土地使用权以租代购是否违法，关键在于是否依法办理了相关审批手续以及是否改变了土地用途。在参与相关行为时，务必谨慎行事并咨询专业意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。