在适用不予行政处罚的案件中，通常不应当没收违法所得，但法律、行政法规、部门规章另有规定的除外。以下从不同角度进行分析：
一、不予行政处罚与没收违法所得的关系
根据《行政处罚法》及相关规定，不予行政处罚通常意味着免除所有行政处罚种类，包括罚款、没收违法所得等。没收违法所得本身是一种行政处罚措施，其目的在于剥夺违法行为人因违法行为所获得的利益。因此，在不予行政处罚的情况下，从逻辑上讲，不应再对违法所得进行没收。
二、特殊情况下的例外
尽管不予行政处罚通常意味着免除所有行政处罚种类，但法律、行政法规、部门规章可能另有规定。例如，在《食品安全法》第136条中，对于食品经营者履行了进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所采购的食品不符合食品安全标准，并能如实说明进货来源的，可以免予处罚，但应当依法没收其不符合食品安全标准的食品。这里的“免予处罚”是指免于其他处罚，如罚款等，但为了防控风险，仍需没收库存不合格食品。然而，这种情况属于特殊个案，并不适用于所有不予行政处罚的情形。
三、没收违法所得与退赔义务的区别
需要明确的是，即使行政机关对当事人不予处罚，且不没收违法所得，这并不影响当事人对被害人的退赔义务。因为当事人对被害人的退赔义务属于民事责任，而非行政责任。在违法行为造成被害人损失的情况下，当事人应当依法承担退赔责任。
四、实践中的操作建议
严格遵循法律原意：在日常执法中，执法人员应严格遵循法律原意，确保执法行为的合法性和公正性。对于不予行政处罚的案件，除非法律、行政法规、部门规章另有规定，否则不应再对违法所得进行没收。
防范食品安全隐患：在涉及食品安全的案件中，即使不予行政处罚，也应考虑防控风险的需要。例如，对于不符合食品安全标准的食品，即使免予其他处罚，也应依法没收以防止其继续流入市场。
明确告知当事人：在作出不予行政处罚决定时，应明确告知当事人其退赔义务以及不履行退赔义务可能面临的法律责任。这有助于维护被害人的合法权益，并促进当事人积极履行退赔义务。
总结来看，在适用不予行政处罚的案件中，通常不应当没收违法所得。但需注意法律、行政法规、部门规章的例外规定，并在实践中严格遵循法律原意，确保执法行为的合法性和公正性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。