面对特殊作业中甲方违章指挥的情况，您应当采取以下步骤来保护自己的合法权益并确保作业安全：
一、明确法律责任与后果
首先，您需要了解甲方违章指挥可能带来的法律责任和后果。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十八条、《中华人民共和国劳动法》第九十三条、《中华人民共和国刑法》第一百三十四条第二款以及《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，用人单位（包括甲方）违章指挥或强令冒险作业，不仅可能面临行政处罚，如责令限期改正、责令停产停业整顿、罚款等，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。同时，如果因此给劳动者造成损害，用人单位还应当承担赔偿责任。
二、拒绝违章指挥
在明确法律责任的基础上，您有权拒绝甲方的违章指挥。这是保护自己生命安全和身体健康的重要措施。您应当坚定地表达自己的立场，指出违章指挥的危害性和违法性，并要求甲方按照安全规定和操作程序进行作业。
三、记录与报告
记录证据：在拒绝违章指挥的同时，您应当尽可能记录下相关的证据，如甲方的指令内容、时间、地点以及在场人员等。这些证据在后续可能发生的纠纷或法律诉讼中可能起到关键作用。
向上级或相关部门报告：如果甲方坚持违章指挥，您应当及时向上级领导或相关部门（如安全生产监督管理部门、劳动监察部门等）报告。报告时，应提供详细的证据和情况说明，以便相关部门能够及时介入并处理。
四、寻求法律援助
如果甲方的违章指挥行为给您造成了损害，或者您认为自己的合法权益受到了侵害，您可以寻求法律援助。您可以咨询专业的律师或法律机构，了解自己的法律权益和维权途径。在必要时，您可以向法院提起诉讼，要求甲方承担相应的法律责任。
五、加强安全意识与培训
为了避免类似情况的发生，您还应当加强自己的安全意识，积极参与安全培训和教育活动。通过提高自己的安全知识和技能水平，您可以更好地识别和防范作业中的安全风险，确保自己的生命安全和身体健康。
总之，面对特殊作业中甲方违章指挥的情况，您应当坚定拒绝、记录证据、及时报告、寻求法律援助并加强安全意识与培训。这些措施将有助于保护您的合法权益并确保作业安全。