结论：民事案件立案后，在双方过了举证期的情况下，法院同意进行鉴定，这一行为本身并不违法。

分析：

1. 举证期限与鉴定的关系：

   • 举证期限是法院指定的，当事人需在此期限内提交证据。但这并不意味着过了举证期限，所有与证据相关的事项都不能进行。鉴定作为获取或确认证据的一种方式，其进行并不完全受举证期限的限制。
   • 特别是在某些情况下，如新发现的证据、证据的真实性或完整性需要进一步确认时，即使过了举证期限，法院也可能根据案件需要同意进行鉴定。

2. 法院的自由裁量权：

   • 法院在审理案件过程中，拥有一定的自由裁量权。这包括对证据的采纳、鉴定程序的启动等。因此，即使过了举证期限，如果法院认为鉴定对于查明案件事实、公正裁判具有必要性，其同意进行鉴定是合法的。

3. 程序公正与实体公正：

   • 民事诉讼的目的是实现程序公正与实体公正的统一。在某些情况下，为了查明案件事实、确保裁判的公正性，即使程序上存在一些“瑕疵”（如过了举证期限后进行鉴定），也是可以被接受的。当然，这并不意味着可以随意忽视程序规定，而是在确保程序公正的前提下，追求实体公正。

4. 可能的法律后果：

   • 如果法院同意在过了举证期限后进行鉴定，且该鉴定结果对案件裁判产生了重要影响，那么这一行为通常不会被视为违法。但如果因此导致了程序上的严重不公或侵犯了当事人的合法权益，那么当事人可以通过法律途径进行救济。

建议：

• 如果您是案件的一方当事人，对法院同意在过了举证期限后进行鉴定的行为有异议，您可以先与法院沟通，了解其同意鉴定的具体理由和依据。
• 如果您认为这一行为侵犯了您的合法权益，您可以在法律规定的期限内提出上诉或申请再审等法律救济措施。
• 在整个过程中，建议您保持与法院的沟通，并咨询专业律师的意见，以确保您的合法权益得到充分保障。

总结：民事案件立案后，在双方过了举证期的情况下，法院同意进行鉴定并不违法。这一行为是法院在行使自由裁量权、追求程序公正与实体公正统一的过程中的合理选择。如果您对此有异议或认为侵犯了您的合法权益，可以通过法律途径进行救济。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。