结论：员工在同一集团的两家公司都实施诈骗行为，是否分开交案（即是否分别立案侦查和审判），需根据诈骗行为的具体性质、与原有案件的关系以及刑事诉讼法的相关规定来综合判断。
分析过程
一案两审的适用情况：
- 一案两审通常指的是一个案件在经历了一审之后，因当事人上诉或其他法定原因，进入二审程序。但这并不直接适用于员工在同一集团两家公司都诈骗的情况，因为这里涉及的是两个可能独立的诈骗行为，而非一个案件的二审。
- 如果两个诈骗行为在性质、主体、行为等方面高度相似，且可以视为同一犯罪计划或连续犯罪的一部分，那么有可能在侦查和审判过程中被视为一个整体案件处理。但这需要具体案件具体分析。
另行立案的适用情况：
- 如果员工在同一集团的两家公司实施的诈骗行为构成独立的犯罪事实，即每个诈骗行为都有其独立的犯罪构成要件（如独立的诈骗意图、行为、结果等），那么应当考虑分别立案侦查和审判。
- 特别是当两个诈骗行为在时间、地点、对象、手段等方面存在明显差异，且不影响彼此案件的审理和判决时，分别立案更为合适。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，任何单位和个人发现有犯罪事实或者犯罪嫌疑人，都有权利也有义务向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者举报。这意味着，如果员工在同一集团的两家公司都实施了诈骗行为，且这些行为构成独立的犯罪事实，那么相关机关应当根据这些规定，分别对诈骗行为进行立案侦查。
处理原则：
- 依法处理：无论是一案两审还是另行立案，都必须严格依法进行。不能因为员工在同一集团的两家公司都实施了诈骗行为，就随意改变案件的审理程序或方式。
- 保障权益：在处理此类案件时，应当充分保障当事人的合法权益，包括申诉权、辩护权等。同时，也要确保案件的公正、公平和公开。
法律建议
- 对于员工：如果涉及此类诈骗行为，应尽快咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。同时，应积极配合相关机关的调查工作，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。
- 对于公司：如果发现员工有诈骗行为，应立即向公安机关报案，并配合相关机关的调查工作。同时，应加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。
总结：员工在同一集团的两家公司都实施诈骗行为时，是否分开交案需根据具体情况综合判断。如果构成独立的犯罪事实，应当考虑分别立案侦查和审判。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。